狂犬病病毒感染的小鼠大脑泛素化蛋白质组学分析和lncRNA-ZNF582对病毒感染的影响

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狂犬病(Rabies)是一种由狂犬病病毒(Rabiesvirus,RABV)导致的人畜共患的致命性神经性疾病。通过对家犬和猫进行疫苗接种,能够有效预防和控制狂犬病的流行,但其仍然在全世界每年导致近5900人死亡,特别是在家犬疫苗接种率较低的发展中国家。几乎所有的哺乳动物都对狂犬病病毒易感,一旦出现临床症状,基本100%死亡。该病可以通过咬伤或抓挠从受感染的动物(主要是家犬)的唾液传播给人类,通常情况下,可以通过在接触前或接触后进行预防接种来预防狂犬病,但目前尚无可直接针对该病毒的特效抗病毒药物。第一部分:泛素化修饰是重要的翻译后修饰(Post-translational modification,PTM),涉及多种生物学功能,并且有很多研究显示它在病毒感染中也起着关键作用。我们对RABV感染小鼠的大脑进行泛素化组学研究,旨在通过揭示受感染小鼠脑组织中泛素化蛋白整体水平的差异,为狂犬病病毒的发病机理提供新的研究材料。1对RABV CVS-11感染的小鼠大脑进行了定量的泛素组研究,以鉴定由狂犬病病毒感染引起的小鼠脑组织泛素化的整体变化。同时,我们对实验数据进行有效性验证,发现其符合质量标准;2本文总共鉴定到4243个泛素化位点,这些修饰位点分布在1626个宿主蛋白质上;使用两倍的倍数变化阈值对这些泛素化修饰水平进行筛选,总共有644和70个泛素化蛋白分别发生修饰水平的上调和下调;3结合生物信息学手段,对鉴定到的泛素化差异修饰蛋白进行进一步分析。GO分析结果表明,差异泛素化蛋白质(DUP)显著富集在细胞的髓鞘以及细胞结合过程中;KEGG通路分析表明,鉴定出的蛋白质主要与氨基酸的生物合成相关;4在数据中观察到了 RABV的五个病毒蛋白均发生了泛素化,我们通过免疫共沉淀实验进行验证,结果发现其符合组学数据结果。第二部分:在基因组的转录过程中,只有约2%的基因具有编码蛋白的功能。其余的非编码RNA起初被认为是基因组转录过程中的“噪音”,不具备任何功能,其中也包括作为RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物的lncRNA。然而,近年来越来越多的研究表明,lncRNA参与了包括X染色体沉默,染色质修饰及核内运输等多种生物功能在内的重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。在本部分,我们通过对前期表达谱芯片数据进行研究,希望找到调控RABV感染的lncRNA。1对数据中差异表达的lncRNA进行验证和筛选,得到7条上调并符合组学数据的 lncRNA;2过表达lncRNA并进行功能筛选,发现lncRNA-ZNF582能够抑制RABV的复制;3对受lncRNA-ZNF582调控的炎症因子进行检测,发现IFN-β、IL-1β及TNF-α均受到显著抑制;4结合生物信息学手段对lncRNA-ZNF582的靶基因进行初步筛选,发现CCNE1、PDGFD、ATF4、XIAP和PLCB4四个靶基因在过表达lncRNA-ZNF852的宿主细胞中表达水平显著下调。
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