红凉伞世代长度约为3年，森林中种群密度相对较低，推测片断化对其遗传结构影响较明显。然而红凉伞的分类地位存在争议。其与朱砂根的差异仅在叶片颜色不同，红凉伞叶片背面为深紫红色。野外观察发现存在形态上介于红凉伞和朱砂根之间的个体。 人工传粉实验中，红凉伞与朱砂根交互传粉都能够结实，从生物学物种定义来说二者不应该划分为两个截然不同的种。等位酶标记对它们的5种酶进行研究，实验结果显示二者的四种酶(EST、SOD、AAT和POD)系统一致，ADH酶不同，可以用于区分二者。对红凉伞、朱砂根叶绿体DNAtrnL-trnF片段测序发现二者的序列无差异。以上结果显示红凉伞和朱砂根应为同一个种下的不同分类单元。 采用RAPD分子标记对分布于浙江天童国家森林公园及其附近区域连续和片断森林的16个红凉伞种群进行研究。本研究中红凉伞各种群生境没有差异，推断遗传漂变起了主导作用。 从片断森林中红凉伞种群遗传结构的研究结果我们得到提示：生活史较短且密度中等到偏低的灌木和草本植物对片断化作用更加敏感，可以作为森林片断化的指示种。