论文部分内容阅读
李树皮坏死茎痘伴随病毒(Plumbarknecrosisstem-pittingassociatedvirus，PBNSPaV)，属于长线型病毒科（Closteroviridae），葡萄卷叶病毒属(Ampelovirus)植物病毒，主要侵染桃树、李树、杏、樱桃和樱花等核果类果树。目前有关该病毒的群体结构特点尚无相关报道。本研究采用RT-PCR方法对来源于我国的不同核果类果树的PBNSPaV进行检测，测定了3个PBNSPaV分离物的全基因组序列，并对PBNSPaV的HSP70h基因和CP基因序列进行了遗传多样性分析，以期深入了解该病毒分子特性。取得的研究结果如下: 1.从7个省（市）采集了李属8种植物的256份样品，采用RT-PCR方法对PBNSPaV进行检测，其中52份样品的检测结果为阳性，检出率为20.3％。采用两对引物PBN-HSP-P1/P2和PBN-CP-F/R分别从49个分离物扩增获得该病毒的部分HSP70h基因和38个分离物的完整CP基因，并进行克隆和测序，序列分析结果显示，这些分离物的HSP70h和CP基因核苷酸相似性分别为72.7-100％，74.2-99.9％。对本研究得到的序列以及NCBI上已登录的相应序列进行系统进化分析，结果显示，所有HSP70h和CP基因序列均聚为4个组群，第一组是优势组群，包括了大部分中国的分离物以及来自美国和意大利的分离物。发现来自甘肃桃样品4个分离物的HSP70h基因存在高度的变异，单独聚为一组，与其他分离物的核苷酸及氨基酸相似性分别为72.7-75.5％和86.9-89.1％。 2.测定了3个PBNSPaV分离物Pch-WH-1、Plm-WH-2、Pch-GS-3的全长基因组序列，分别由14208、14211和14211核苷酸(nt)组成，与已报道的参照分离物具有相同的基因组结构。分离物Pch-WH-1和Plm-WH-2相似性达95％，与代表分离物PL186(EF546442)相似性为96％。分离物Pch-GS-3与法国报道的TaTao25分离物(KC590344)相似性较高，为92.7％，而与Pch-WH-1和Plm-WH-2相似性为88.92％和89.68％。这些分离物与法国报道的来自我国南京的分离物Nanjing(KC590347)相似性最低，为70.1-71.4％。 3.分别采用软件RDP3和Recco对该病毒所有HSP70h和CP基因序列进行了重组检测，从CP序列中没有检测到重组事件;而采用RDP3在从分离物Pch2的HSP70h基因序列中检测到明显的重组，其主要亲本和次要亲本分别为Pch3和Peh1，此外，采用Recco软件在分离物Apr-YT-3-1和Pch-XN-4-6检测到重组。这是首次检测到该病毒序列重组现象。 4.对PBNSPaV的HSP70h和CP基因进行了群体遗传分析，HSP70h和CP基因的dNs/dS比值分别为0.083和0.099，均远小于1，说明两个种群均处于纯化选择压力下。Datamonkey软件的3种方法SLAC、FEL和IFEL从该病毒CP基因中首次检测到5个正向选择编码子（位于3，8，44，57和88位）。