企业的自主创新对其生存与发展至关重要，然而中国企业却普遍存在研究与开发投资不足的现状。创新的外部性导致知识外溢，从而造成创新收益的损失，是中国企业研究与开发投资不足的重要原因之一。而创新外部性的大小、企业研究与开发投资行为以及专利行为都存在显著的行业差异。因此本文结合外部性理论、产业组织理论、专利竞赛理论，从市场结构因素的差异以及行业内不同企业之间的策略互动的角度，在行业间和行业内部两个研究层面，对企业研究与开发投资行为与专利行为的影响因素进行理论分析。实证研究部分，本文以2007-2010年披露研究与开发投资的上市公司作为研究对象，在理论分析的基础上，基于行业特征中的市场结构因素，构建行业知识产权风险体系，并实证检验行业知识产权风险对企业研究与开发投资和企业专利行为的影响。研究表明知识产权风险具有显著的行业差异，行业知识产权风险对企业研究与开发投资具有显著的负面影响；中国上市公司的专利行为也存在显著的行业差异，企业采取不同类型的专利申请行为应对不同类别的行业知识产权风险。在行业内部的研究层面，本文在分行业描述性统计的基础上判断不同行业的专利竞赛类型，测算并建立竞争距离权重矩阵，运用空间滞后模型，实证检验五大制造业与信息技术业中，不同竞争地位的企业间，研究与开发投资和专利行为的策略互动性及影响效果。研究表明，中国上市公司所处行业中，存在三类典型的专利竞赛的格局，体现出绝对先占权型、ε-先占权型和无领导型专利竞赛的不同特征。本文的创新在于，在行业间的研究层面，结合知识外部性，分析影响企业研究与开发投资的市场结构因素，并构建行业知识产权风险体系；在行业内部的研究层面，结合企业专利竞赛中的策略互动性，分析行业内竞争企业及领导企业的研究与开发投资行为、专利申请行为，对企业自身研究与开发投资的影响，并首次运用新的变量衡量体系与空间计量方法开展相应的实证研究。