随着工业化的快速发展，环境污染问题日益严重，寻求一种积极有效的解决途径以促进环境资源的节约利用是当前亟待解决的问题。排污权交易由于兼有环境质量保障和成本有效性的特征，而逐渐被越来越多的国家和地区用于污染物排放的控制，我国也在本世纪80年代开始了排污权交易的试点，但由于我国市场经济体制还不够完善，所以在实施排污权交易过程中还存在诸多问题有待研究。本文在借鉴国内外排污权交易问题的研究和实践经验的基础上，对排污权交易的二级市场进行研究。本文从排污权交易的概念、特征和思想来源出发，以连续的和离散的两种减量成本最小化模型为基础，建立加入市场出清约束条件的、目标函数为连续的线性规划模型和目标函数为离散的混合整数规划模型，对两种模型的市场均衡性进行分析，发现目标函数为连续函数的线性规划模型的市场均衡价格即为影子价格，而目标函数为离散函数的混合整数规划模型的市场均衡价格与平均影子价格只有在某些特定条件下相等。选择目标函数为连续函数的模型为研究工具，研究传统初始排污权分配方式下和新的初始排污权分配方式下的我国跨行业二氧化硫排污权交易二级市场情况，并对两种初始排污权交易方式进行比较，发现传统初始排污权分配方式下的排污权交易市场垄断成分较高；而在新的初始排污权分配方式下的排污权交易市场的竞争程度较高，因此市场更加具有效率。并对该相对具有效率的新的初始排污权分配方式下的研究结果进行交易成本影响分析，结果得出交易成本与排污量和排污权交易价格相互影响，交易成本越高排污量越低，排污权交易价格越高等。本文综合运用了数学、运筹学、经济学等对排污权交易二级市场的均衡进行研究，研究结果对政府制定环境污染控制政策和厂商或行业在选择自行减量或购买排污权决策上具有指导意义。