1997年的东南亚金融危机给印尼带来了巨大的冲击,经济衰退、贫富差距扩大以及贪污腐败问题频发。在此期间,印尼贫困人口暴增、普通民众生活质量严重下降,人们因而对社会和政府产生失望情绪,容易被伊斯兰极端思想煽动。另外,伊斯兰复兴运动将大量极端思想言论带入印尼,并吸引印尼穆斯林前往中东加入圣战,这些穆斯林随后将圣战理念和作战技术带回印尼,成立众多伊斯兰极端组织,进行各种形式的极端活动,伊斯兰极端主义开始在印尼崛起。印尼伊斯兰极端主义以传播伊斯兰极端思想和策划实施极端暴力活动为表现形式,给印尼的安全带来了严重的威胁与挑战。首先,伊斯兰极端主义导致地区分离主义运动加剧。地区分离主义势力起初只是向政府要求地方自治权,但在伊斯兰极端组织的介入下转变为要求地区独立,因而彻底演化为分离主义运动;其次,伊斯兰极端主义导致恐怖主义活动猖獗。印尼本土伊斯兰极端组织在建国初期便主导实施了多起暴力恐怖事件,他们不仅在印尼实施爆炸袭击活动,而且将势力向东南亚其他国家蔓延。在2014年中东“伊斯兰国”运动兴起后,印尼本土伊斯兰极端组织受到了“伊斯兰国”的影响,恐怖主义活动进一步活跃起来;最后,伊斯兰极端主义导致印尼政治安全受到影响。伊斯兰极端组织先是在建国初期发动叛乱,后来又左右民主选举,给政府决策施加压力。针对伊斯兰极端主义造成的恶劣影响,印尼政府采取了一系列措施进行应对,这些措施包括完善相关法律与机构、展开国际合作反恐、遏制伊斯兰极端思想以及其他相关措施。最后,本文结合政府应对措施所取得的效果和现实条件,重点对印尼伊斯兰极端主义的前景进行了分析,认为伊斯兰极端主义将持续存在并对印尼安全产生新的威胁。这些威胁包括政治选举将在更大程度上受到煽动性的宗教议题左右及其与中国的合作受阻。