来自中央和地方政府的公共财政拨款是我国高等学校最重要的经济收入,其中财政专项资金平均能够占到高校财政收入的50%。高校财政专项资金的有效执行和妥善管理对于高校公共职能的实现有重要作用。在我国公共财政专项教育经费数额巨大且不断增长的背景下,根据我国《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》部署和要求,对高校财政专项资金执行效率的研究具有重要的实践意义和应用价值,其能够有效地促进高校规范资金管理、提升执行效率、增强教研产出,帮助政府和公众对高校进行监督和评价、及时调整财政专项拨款政策、优化资源配置。本文调研国内外已有研究,在绩效评价理论、委托代理理论和利益相关者理论上,构建了本文的理论框架,以我国教育部63所直属高校财政专项资金的执行效率评价为例,通过数据包络法分析、案例分析等方法发现其执行和管理过程中存在的问题,以及相关配套政策实施中暴露的弊病等。本文中评价指标体系参考了教育部第四次学科评估评价体系、“双一流”建设总体方案以及六大类财政专项资金的用途和导向等,遵循客观性、科学性、可操作性等原则建立,且评价数据主要来源于各高校公开信息。本文综合采用了CCR和BCC模型,从产出角度对教育部直属63所高校财政专项资金的执行效率评价进行了演算和分析。最后,本文选取典型高校,剖析高校财政专项管理流程,分析专项执行中存在的具体问题。本文应用数据包络法分析发现,2015-2017年中央高校财政专项资金执行的有效性较低,半数以上受评估高校处于技术无效且规模无效的状态,绝大部分受评估高校处于综合无效的状态,并且受评估综合无效的高校投入均表现为规模报酬递减的状态。主要原因在于高校决策和管理能力有所欠缺,或者是在财政专项资金支出和其他项目支出等方面的投入规模不当,或由于人力资源不足、招生数量不合理导致产出规模不足。对纳入考察的63所高校展开分类分析,并通过案例实证分析,发现案例高校虽然能够将财政专项经费使用在学校的事业发展和重点建设项目上,但资金执行过程中存在考核时点执行进度滞后、内部管理机制不合理,以及部分财政政策不符合高校资金执行规律等问题。基于以上分析,本文提出了三方面的对策建议,一是基于规模效率优化专项投入产出模式,引入绩效预算管理、健全经费监督机制;二是基于技术效率优化高校内部管理水平,推进专项执行动态反馈、加强财政专项制度建设、规范财政项目申报程序、完善专项协同管理机制、加强监督和绩效管理;三是基于高校实践优化财政专项相关政策,包括优化国库集中支付用款方式、及时拨付相关经费,增加可统筹专项经费使用范围、扩大高校办学自主权等。