清洁生产是当今国际上为应对工业污染、能源危机、生态破坏等而推行的重要对策措施，它将整体预防的环境战略持续应用于生产过程、产品和服务中，以增加生态效率和减少人类及环境的风险。它所解决的既是环境问题，也是经济问题，是实现经济、社会、环境、资源协调可持续发展的重要途径。随着清洁生产在企业中的实施，管理层需要转变管理观念，向着以污染预防为基础的全方位管理模式发展，清洁生产内部控制是企业清洁生产管理主要内容的体现，在清洁生产管理系统中扮演了关键角色。有效的清洁生产内部控制可以合理保证企业清洁生产的效率、效果以及对相关环境法律法规的遵循。随着清洁生产体系的建立和完善，清洁生产内部控制审计对内部控制建设的促进作用慢慢显现出来，将会对提高清洁生产有效性产生深远影响，这也正是本文研究清洁生产内部控制审计程序相关问题的价值所在。文章在对相关文献梳理的基础上，借鉴现行财务报告内部控制审计自上而下的风险基础的方法对风险基础的清洁生产内部控制审计程序进行了研究，并针对其基本程序进行了详细的论述。论文主要结论如下：风险基础的清洁生产内部控制审计程序主要包括接受委托、计划审计工作、实施审计工作、内部控制缺陷评价及报告五个阶段。在一项风险基础的清洁生产内部控制审计业务中，审计人员首先应当从被审单位和事务所两方面考虑是否接受委托；在计划审计工作时，审计人员应当考虑相关事项对清洁生产内部控制审计的影响并识别出高风险领域，确定重要性水平之后，识别出重大业务流程、关键环节，为下一步的审计工作做准备；在具体实施审计工作时，审计人员可以借鉴自上而下的方法，从了解企业层面的清洁生产内部控制开始，逐步将关注的重点下移到重大业务流程、关键环节直至具体的清洁生产风险要素，根据风险评估的结果选择拟进行测试的控制，然后搜集审计证据对相关控制进行测试；在控制缺陷评价阶段，审计人员需对内部控制测试中识别的控制缺陷进行评价；在报告阶段，就评估的所有重大缺陷与企业沟通，对内部控制有效性发表审计意见出具审计报告。文章的创新之处在于研究非财务报告内部控制审计——清洁生产内部控制审计程序的相关问题，并将环境学科的相关方法运用到风险基础的清洁生产内部控制审计程序的研究中，充分考虑了清洁生产内部控制审计的特殊性。