随着城市化进程的加快，城市河流污染加剧。由于水体水质与底栖微生物之间具有相互影响关系，底栖微生物对水质污染具有一定的指示作用。本论文以南京市秦淮河为例，在野外调查的基础上，分析了水质和底栖微生物的时间和空间变化特征，研究了秦淮河底栖微生物与水质的关系。全文具体内容如下： (1)对秦淮河进行了为期一年的水质调查，分析了其总体污染特征及各季节、各河段的污染状况。结果表明：秦淮河水体水质未达到其环境功能规划的Ⅳ类水标准，主要污染物为N，且以NH<,3>-N为主要污染形态，而高锰酸盐指数及TP含量达标；从季节变化看，秋季水质最好，冬季水质最差；不同河段水质的空间变化表明，入河口区水质最差，自然河段水质最好。 (2)对秦淮河进行了为期一年的底栖微生物调查，分析了底栖微生物特征。结果表明：在秦淮河所监测的几种底栖微生物中，细菌数量最多，平均达到了10<7>数量级；氮素循环菌中氨化菌数量最多，而亚硝化菌最少；底栖微生物数量的季节变化春夏季数量较多，秋季数量相对较少，冬季数量最少；底栖微生物数量在入河口区最少，而在自然河段最多。 (3)研究了秦淮河水质与底栖微生物关系。结果表明：水质状况较好的自然河段底栖微生物数量最多，水质最差的入河口区底栖微生物数量最少，并且冬季底栖微生物数量也最少，水质与底栖微生物数量之间呈现一定的负相关；相关性分析也表明：底栖微生物数量与综合污染指数呈负相关：并且，可以考虑以底栖固氮菌作为指示秦淮河综合污染程度的底栖微生物；而固氮菌和放线菌可分别作为指示秦淮河春季和夏季综合污染程度的底栖微生物；氨化菌可作为指示自然河段综合污染程度的底栖微生物。