台湾与日本关系牵涉到海峡两岸关系和中日关系，一直是学术界关注的热点问题。1972年中日建交确立了台日之间的基本关系框架，即局限于非政府和非官方层次。然而自20世纪90年代以来这种关系模式受到国际局势、台湾内部政治变动的不断挑战，台日关系有走向“实质化”趋势的危险。 本文希望通过搜集丰富的大陆、港、台三方的材料去描述和分析台日关系自20世纪90年代以来发生的诸多变化及其特点，着眼点在于台湾的对外政策和对日政策。这样一个脉络是：对外政策——对日政策——台日关系的发展。这样的逻辑思维是简练的，却是有效的分析模式。 在这样一个叙述主线贯穿始终的分析框架下，本文把90年代以来的台日关系分为两个大的历史阶段。即李登辉时期和陈水扁时期。在这两个历史阶段，台湾对外政策和对日关系既有差异，更有连续性相继承性。同时，每个历史阶段的台日关系分析又分为政策取向分析和实质发展分析两个部分。两者存在因果联系。具体叙述台日关系的实质发展则是从政治，经济和军事三个层次来观察。