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微杯科(Microcotylidae)是一类嗜血性的大型寡钩类(Oligonchoinea)单殖吸虫。本文整理了近5年来在中国南海海域采集到的微杯科单殖吸虫，完成其形态学的研究以及DNA序列的测定、分析，探讨了微杯科内亚科、属、种的系统关系。主要研究结果为: 一、记述了南海鱼类微杯科单殖吸虫共9属19种，其中包括1个新种，骨鲻后微杯虫Metamicrocotyla osteomugilan.sp.，1个中国新记录种，鰕(虢)鱼多唇虫Polylabris acanthogobii Yamaguti，1940 n.rec.，10个宿主新记录，并采获1个地模标本。相比我国其它海域，南海海域微杯科单殖吸虫的种类最多，特有种最为丰富。 二、测定了9属16种微杯科单殖吸虫的28S rDNA C1-D2区和内转录间隔区ITS1序列，使用最大似然法(ML)、最大简约法(MP)、贝叶斯分析(BA)构建系统树，所获系统树拓扑结构基本一致。采用形态学与分子系统学相结合的方法对微杯科种间的系统关系进行了初步分析，结果显示:(1)前列腺微杯虫亚科Prostatomicrocotylinae，嗜马鲅虫亚科Polynemicolinae是单系群;微杯虫亚科Microcotylinae、后微杯虫亚科Metamicrocotylinae为非单系群。(2)微杯科各属的虫种各自聚为一支，与形态学结果相一致，证实了交接器及生殖腔结构是微杯科的属级特征。(3)微杯虫属是单系群。海南微杯虫Microcotylehainanensis最早在斑鳍方头鱼Branchiostegus argen上发现，本文将银方头鱼B.auratus和斑鳍方头鱼的海南微杯虫的28S rDNA、ITS1序列进行比对，序列一致。通过对28S rDNA、ITS1序列的比对以及形态学特征的比较，寄生在伏氏眶棘鲈Scolopsis taeniptenus和大眼澳鲈Arripis georgianus上的澳鲈微杯虫Microcotyle arripis可能为不同种。(4)多唇虫属是单系群。在系统树中单阴道和双阴道虫种各聚为一支，与形态学分类相一致，证实阴道数量是多唇虫属种级特征。银鲈多唇虫Polylabris gerres、马氏多唇虫相似种P.cf.mamaevi和黄鳍鲷多唇虫P.angifer聚为一支，且28S rDNA和ITS1的序列中核苷酸差异值均是0，比较3者的形态学特征，除交接器内壁和外鞘的厚度外，无明显差异。表明银鲈多唇虫、马氏多唇虫相似种和黄鳍鲷多唇虫可能为同一种。