基于多数据库构建肾透明细胞癌脂代谢相关基因预后风险预测模型

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目的基于多数据库构建肾透明细胞癌脂代谢相关基因预后风险预测模型方法我们从基因集数据库(MSig DB)下载并整理得到1437个脂代谢相关基因;从TCGA数据库获取534例cc RCC患者以及72例非肿瘤组织的基因表达数据和临床数据。通过对比癌组织和正常组织,获取差异表达基因((EGs),并与1437个脂代谢相关基因集取交得出cc RCC患者的脂代谢相关DEGs。将其中529例有配对临床信息的cc RCC样本通过随机抽样的方法按照1∶1的比例拆分为训练组(n=265)与验证组(n=264)。在训练组中利用单因素、LASSO回归和多因素Cox回归分析构建cc RCC患者脂代谢相关基因的预后预测模型,并在验证组中对模型进行验证评估。同时我们对脂代谢DEGs进行了GO和KEGG富集分析。结果我们利用TCGA数据库中529个cc RCC和72个正常肾组织的基因表达数据,进行了生物信息学和统计学分析,以研究透明细胞肾细胞癌(cc RCC)中脂代谢基因的预后意义。我们在cc RCC脂代谢相关基因表达数据集中鉴定出了48个上调基因和91个下调基因。通过进一步分析,我们构建了一个基于8个脂代谢DEGs(ITPKA,NOD2,ATP1A1,SCD5,ALDH3B2,THRSP,FABP1和UGT8)的预后风险评分模型,并将cc RCC患者分为高风险组和低风险组。高危cc RCC患者的总生存期(OS)明显短于低危cc RCC患者。预后风险评分模型的受试者工作特征(ROC)曲线分析显示,1年、3年和5年OS的ROC曲线下面积分别为0.819、0.774和0.786。因此,我们的预后模型在TCGA患者队列中显示出了良好的预测能力。我们还建立了一个基于这8个脂代谢DEGs的列线图,并在TCGA队列中进行了内部验证,显示了对cc RCC预后的准确预测。结论我们基于数据库构建的8个脂代谢DEGs预测模型可以有效预测cc RCC患者的预后,并且这8个脂代谢基因可能是肾透明细胞患者的分子生物标志物和治疗靶点。
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