近些年来，我国大城市急剧扩张，大量人口工作在市区，而居住在郊区的现象已成常态，大量流向和时间集中的通勤客流的产生使得仅靠道路公交、地铁组成的城市公交系统无法满足需求，城市交通拥挤日趋严重，在大城市发展市郊铁路成为了必然的选择。近几年来，北京、上海、天津、广州、重庆、武汉、包头等特大或大城市利用国铁既有线建设市郊铁路的实践已经展开，然而，中国市郊铁路建设进程缓慢，其主要原因是在市郊铁路发展整个过程中，国铁和城市管理部门在合作机制方面面临着严重的冲突，无论是在制度设计方面，还是在市郊铁路的投资、建设、运营和补贴过程中都面临着严重的问题。有鉴于此，本文以国铁和城市交通管理部门在市郊铁路发展过程中的合作机制为题进行初步研究，力争为我国市郊铁路实现又好又快的发展提供建议。　　论文首先对比了国内外市郊铁路的发展情况和我国的不足，重点介绍了西班牙、美国、日本和法国市郊铁路的合作机制。其次，以博弈论为分析工具初步分析了我国市郊铁路建设、运营和补贴过程中的合作机制问题，并借鉴国外经验通过模型改进实现了合作机制的完善。再次，运用博弈理论分析北京市郊S2线合作机制中的问题并提出政策建议，最终得出应建立自上而下的市郊铁路发展协调机构与机制，并采取更为有效的绩效补贴方式的结论。