本试验以四川农业大学保存的西瓜种质资源为材料（共42个材料），通过田间、室内的调查进行西瓜的生物学性状的统计分析；采用改良CTAB法对西瓜属基因组DNA进行提取；对西瓜的RAPD反应体系进行了优化；筛选适用于本试验的随机引物；计算材料间的遗传距离并对材料进行聚类分析。结果如下： 1、通过田间和室内对42个西瓜材料的生物学性状进行观察统计。结果表明这些材料在倒蔓期、开花期、坐果节位、结果数、病虫害、果型、果重、果皮硬度、果皮颜色、果肉色、果皮厚、皮肉界限、种子大小多少颜色、TSS等方面均存在一定的差异。 2、本研究使用的改良CTAB法完全适用于西瓜属基因组DNA的提取，提取的DNA 0D260/0D280比值在1.8-1.9之间，这说明所提取的DNA的质量较高，能够用于RAPD的分析。 3、采用正交试验设计的方法，建立了西瓜RAPD分析的优化反应体系。所得最优体系为：25μL的反应体系中含有Taq Buffer 25mmol/L，MgCL₂ 1.5mmol/L，dNTP 250μmol/L，TaqEnzyme 2.5U，Primer0.4Pμmol/L，DNA（10ng/μL）1μL；适宜的扩增条件为94℃预变性5 min，94℃变性30s，36℃复性30s，72℃延伸1min，40个循环后，在72℃保持7分钟。 4、从59个随机引物中筛选出9个多态性好的随机引物，用这9个引物对42个西瓜材料进行扩增，9个引物共扩增出了92条DNA扩增带，平均每个引物10.2条，其中76条具有多态性，占总条带数的82.6％，每个引物可扩增出5—16条多态性带，平均每个引物8.4条多态性带。 5、利用计算机软件NTSYSpc（2.10版）统计RAPD数据，用Genetic Distance计算材料间遗传距离。得出42个西瓜材料的遗传距离为0.0655-0.5081；用UPGMA进行聚类，当相似系数为0.19时，可以将42份材料分为8大类群：1个俄罗斯生态地理型，1个日本生态地理型，1个美国生态地理型，1个华南生态地理型，1个西北生态地理型，3个中间型，与传统的西瓜生态型分类基本吻合。