平胸龟（Platysternon megacephalum）为珍稀濒危物种，其在系统发生中的地位尚存在争议。本文应用四个分子标记[两个线粒体DNA:12S核糖体RNA(12 SrRNA)和细胞色素b(Cytb);两个核DNA: RNA指纹蛋白35(R35)和重组激活基因1(RAG1)]，探讨中国平胸龟的系统发生情况，确定其在系统发生中所处的位置。同时，基于Cytb和控制区(CR)两个线粒体DNA分子标记研究中国9个野生平胸龟种群（浙江泰顺TS、浙江奉化FH、安徽黄山HS、江西崇仁ChR、湖南邙山MS、湖南东安DA、广西荔浦LP、广西贺县HX和广东普宁PN)的遗传结构，了解其遗传多样性信息，推测种群历史分布动态，确定分类保护单元，提出科学合理的保护措施。实验结果如下:　　1、基于线粒体DNA序列和核DNA序列并综合系统进化树和遗传距离结果发现:基于12SrRNA的平胸龟的系统发生与泽龟科比较近;基于Cytb的平胸龟的系统发生与鳄龟科比较近;基于RAG1的平胸龟的系统发生与鳄龟科比较近，其他科与平胸龟的遗传距离要远大于鳄龟科与平胸龟的距离;基于R35的平胸龟的系统发生与海龟科比较近，与海龟科相比，其它科与平胸龟的遗传距离并不是相差很大。关于四种分子标记的分析显示，平胸龟的系统发生并不完全一致，其系统发生地位相对比较独立。　　2、分析9个平胸龟种群的Cytb序列。A+T含量较高，其平均值达到58.80％;序列长度为1144bp，保守位点1077个，变异位点67个，转换突变位点数为57，颠换突变位点数为9,两者兼有位点突变数为1;9个平胸龟种群共存在26种单倍型;种群的单倍型多样性（Hd）为0.88350，平均核苷酸变异数（k）为10.30976，核苷酸多样性(p)为0.00901;26种单倍型总体平均遗传距离为0.25233±0.04184，9个种群的总体平均遗传距离为0.00911±0.00100;遗传固定分化指数Fst为0.78710，基因流Nm为0.07;系统发生和单倍型网状图显示平胸龟主要分为4个大的类群，即LP和HX类群，PN、MS和DA类群，TS类群，ChR、FH和HS类群。　　3、分析9个平胸龟种群的CR序列。A+T含量较高，其平均值达到65.24％;序列长度为663bp，保守位点606个，插入/缺失位点12个，碱基变异位点45个，转换突变位点数为34，颠换突变位点数为10，两者兼有位点突变数为1;9个平胸龟种群共存在23种单倍型;种群的单倍型多样性（Hd）为0.88750，平均核苷酸变异数（k）为10.30976，核苷酸多样性(p)为0.01584;23种单倍型总体平均遗传距离为0.46387±0.08881，9个种群的总体平均遗传距离为0.01627±0.00293;遗传固定分化指数Fst为0.85978，基因流Nm为0.04;系统发生和单倍型网状图显示平胸龟主要分为5个大的类群，即ChR和FH类群，HS类群，TS类群，PN、 MS和DA类群，LP和HX类群。