在政府和企业对专利权越来越重视的背景下，专利侵权现象严重和维权难等问题严重影响了专利的市场化运作。专利侵权纠纷行政执法作为专利保护的重要措施之一，发挥了极大的作用，且成果显著。《专利法》第四次修改引发了对专利行政执法制度新一轮的的存废之争，特别是对专利侵权纠纷行政执法制度的争议最为激烈。随着中国社会经济的发展，该制度存在的理论基础和实践基础均发生了变化，因此有必要结合现实情况，重新界定该制度的理论和实践依据，并全面分析该制度的运行绩效，为该制度在实践中发挥更大的作用提供建议。在总结已有研究的基础上，梳理了该制度发展历程及最新进展，从专利权的公权属性、非诉讼纠纷解决机制的兴起、专利侵权纠纷行政执法的社会需求等角度分析了该制度的理论和实践基础。同时，结合地方知识产权局处理专利侵权纠纷的启动、程序、权限、结果等方面归纳该制度的显著特征：“不告不理”；执法程序灵活简便，处理时限短；但管理部门处理权力有限，处理结果不具有最终法律效率，限制了执法绩效的提升。分别从立案数、结案率、结案方式、涉及的专利类型、专利权人的国别等方面对2006—2012年东、中、西部地区专利侵权纠纷行政执法绩效进行实证分析，表明：东部地区有较高的立案数和稳定的结案率，向调解结案转变，但撤回请求的比例过高，涉案专利多以外观设计为主，且涉外案件的96%集中于此，总体的执法绩效较好。中部地区的立案数明显低于东部，结案率较低且起伏较大，重处理轻调解，撤回请求比例较低，涉案专利多以实用新型为主，执法绩效不及东部。西部地区立案数最少，结案率相对较高，重视调解结案，年度变化明显，涉案专利以实用新型和外观设计为主，几乎没有涉外案件，执法绩效不佳，但也有值得肯定的地方。在明确了不同地区的执法绩效后，有必要对影响执法需求的因素进行量化分析。专利行政执法的立案数可以有效代表执法需求，以地区GDP，R&D支出、工业产值代表经济发展水平和产业结构，以国内专利申请量、专利授权量、专利有效量代表专利聚集程度，运用SPSS进行回归分析。结果表明：以上自变量均与因变量存在显著的正相关关系，其中国内专利有效量与执法需求的相关性最高，其次为工业产值和地区GDP，表明执法需求与专利聚集程度和经济发展水平间存在较强的相关性。但回归结果也表明，上述三个自变量对立案数变化的解释力均小于50%，说明影响执法需求的不仅是可量化的专利数量、经济发展水平，还有难以度量的社会专利保护意识、地区专利政策等。结合上述实证和回归分析，本文认为，专利侵权纠纷行政执法制度应明确其定位，利用其灵活、简便、高效的特点，发挥司法救济的补充作用。首先，应统一行政执法标准和程序，完善跨区域执法协作机制，有效打击反复性、群体性、跨区域侵权。其次，结合不同地区的实际情况和执法特点，采取有针对性的改进措施和绩效考核标准。最后，在行政执法过程中普及专利知识，提升社会专利保护意识，培育尊重创新、尊重专利的文化环境，才能从根本上起到保护专利的目的。