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海绵拥有复杂的共生微生物种群结构,是海洋天然产物的重要来源之一,也是珊瑚礁的重要组成部分。通过对元基因组进行测序和分析,我们对中国南海海绵Theonella swinhoei共生微生物的次级代谢潜力进行了研究。T.swinhoei共生微生物主要包括Proteobacteria(30.5%)、Actinobacteria(6.2%)、Poribacteria(3.6%)、Firmicutes(3.5%)、Chloroflexi(2.6%)和Cyanobacteria(2.1%)。Candidatus Entotheonella sp.TSY1和Candidatus Entotheonella sp.TSY2在T.swinhoei中的丰度比其他生境高很多。T.swinhoei共生微生物中聚酮合酶模块和相关蛋白(COG3321)以及非核糖体肽合成酶模块和相关蛋白(COG1020)基因的比例比其他海绵共生微生物中的比例高。次级代谢产物生物合成基因簇除来自Candidatus Entotheonella外,还有许多来自未知的共生细菌和可能的蓝细菌。结果表明中国南海海绵T.swinhoei共生微生物具有很强的次级代谢潜力,为研究海绵天然产物微生物来源提供了依据,同时为进一步开发利用T.swinhoei共生微生物资源提供了基础。全球气候变化对海洋生态系统和底栖造礁动物如海绵和珊瑚的影响越来越受到人们的关注。但是目前有关环境胁迫因子对海绵共生微生物影响的报道还不是太多。我们以在中国南海海广泛分布的海绵Spheciospongia sp.为对象,研究海绵共生微生物对海洋酸化和升温的反应,以及其在去除这些胁迫因子后的恢复潜力。结果表明单独升温处理和酸化升温联合处理会对海绵共生微生物种群结构造成显著影响,并且单独升温处理的影响最大。单独酸化处理对海绵共生微生物种群结构几乎没有影响。在去除酸化和升温胁迫因子后,经单独升温处理和酸化升温联合处理过的海绵共生微生物种群结构不能恢复至对对照水平。