房屋征收补偿协议,是目前争讼率最高的行政协议种类,其主体瑕疵问题在实践中大量存在。于行政一方,主要表现为欠缺行政主体资格;于私主体一方,则表现为欠缺处分权或代理权。在行政主体瑕疵的情形中,法院判决的疑难点在于被设立或者被委托的组织是否具有行政主体资格及行政职权,裁判对这一问题有“授权说”和“委托说”两种解释思路。前者仅限于被设立的组织是行政法规授权的房屋征收部门的情形,而后者的各步思路都与既有的行政法理或合同法理不符。在私主体瑕疵的情形中,法院判决存在“无效论”与“有效论”两种矛盾的结果,两种判决均在当事人意思自由的尊重与被征收整户利益的保护之间顾此失彼。群案梳理后发现,违背意思自治的“有效论”渐成主流。主体瑕疵的房屋征收补偿协议的效力判断问题,在现有的法规范中无法寻得直接的答案,它既是司法审判中直接面临且未得到妥善解决的难题,又关联着行政协议效力的判断规则与理论体系的具体建构。这亟需学理对其加以研究,并基于释义学而提出一套适恰的效力判断方案。在意定之债、法定之债和行政行为构成的三维坐标系内定位征收补偿协议,可将其本质诠释为“意定的法定之债”,并与行政行为对照观察。行政一方的确定应遵循法定补偿义务相对性原则,同时应受行政职权法定原则的调整;法定的有权机关与协议的名义主体之间若有代理关系,协议文本的名义瑕疵则可借助代理显名原则的例外予以解释。对私主体一方补偿方式选择权的保护,应将意思自治原则与行政效率原则、合行政目的原则以及法安定性原则等进行衡量;对相关的协议当事人给予协议程序的保护之后,可以允许无权处分与无权代理的发生。主体瑕疵的房屋征收补偿协议的效力判断,可从程序与实体两方面进行。程序要件方面,对行政组织的内部关系和协议双方的外部关系都要有所顾及。在内部关系层面,需审查四项内容:代理权的可授予性、被代理组织的权利能力、代理组织的行为能力、是否存在正式的代理权授予行为。另外,在裁判中还需论证未显示法定有权机关的名义对协议私主体的利益状况不构成影响,以解释允许代理显名原则发生例外的理由。在外部关系中,需审查征收部门是否在协议签订之前全面履行告知及协商的程序职责。在实体要件方面,主要审查协议所确立的补偿方式是否合法。经过程序与实体两方面审查均无误之后,方可认为,单纯的行政主体瑕疵或者私主体瑕疵不构成协议无效的事由。公法与私法规范运用于行政协议效力判断问题时,需作相应调适,依法行政原则与意思自治原则在行政协议中应该彼此交互、共同作用。行政协议的司法审查,可以形成以“法定—意定、程序—实体”进行四部划分、分别审查的思维框架。行政协议的效力判断及相关研究,需要一种公法与私法相融贯的思维。实践的发展以及个别化研究的积累,将会有助于建立一套相对完善的、整体的行政协议效力判断的规则与理论体系。