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目的先天性肛门直肠畸形（anorectal malformations,ARMs）是一种常见的消化道先天畸形,其发病率约为1/5000～1/1500,其病理改变复杂,术后并发症多,严重影响患者的身心健康,是国内外研究者一直高度关注的先天性畸形之一。遗传流行病学研究表明,先天性肛门直肠畸形的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果。近几年关于胚胎发育的基因调控等方面的研究发现shh（sonichedgehog）基因与胚胎发育的很多方面密切相关,动物研究表明其在后肠的胚胎形态发生过程中起着重要作用,如在shh基因敲除鼠中可观察到后肠发育异常导致的不同类型的肛门直肠畸形,但是人类肛门直肠畸形与shh基因的相关报道较少。为了研究人类先天性肛门直肠畸形与shh基因是否相关,本文以shh基因为候选基因,选择与该基因紧密连锁的微卫星标记D7s500,对46例先天性肛门直肠畸形核心家系进行等位基因检测分析,对其中35例杂合子父母核心家系进行了传递连锁不平衡检验（transmission disequilibrium test,TDT）,以探讨shh基因与人类先天性肛门直肠畸形的关系。方法1、标本来源病例来源于中国医科大学附属盛京医院小儿外科。46例病例均为在我科经手术治疗确诊的先天性肛门直肠畸形患儿。取患儿及其父母外周静脉血1ml,EDTA（0.2mol/L,PH8.0,100μl）抗凝。2、选取微卫星DNA选取与shh基因紧密连锁的微卫星DNA标记D7s500。该标记及其引物序列均选自人类基因数据库（GDB）,PCR引物由上海英骏生物技术有限公司合成。3、基因型分析（1）提取DNA全血标本经红细胞裂解法提取白细胞后常规苯酚/氯仿法提取基因组DNA。（2）PCR扩增微卫星DNAPCR扩增按常规方法,在Biometra梯度PCR扩增仪上进行,反应体系25μl。反应条件:94℃预变性3min,以94℃40s,57℃60s,72℃60s,循环35次,最后72℃延伸7min。用2%琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物,条带明亮单一者保存待用。（3）分离检测等位基因取PCR产物5μl,经12%（29:1）变性聚丙烯酰胺凝胶分离等位基因。600V恒电压电泳适当时间（以氰化二甲苯晴兰到达胶底部为标准）。电泳完毕后,用0.2%AgNO3染色,3%Na2CO3和0.4%甲醛溶液显色,双盲法判读等位基因型。4、统计学分析TDT分析要求运用杂合子父母未传递给子代的等位基因作对照,故排除纯合子父母家系。对符合要求的家系根据等位基因传递/未传递的频次建立TDT表格,采用SPSS12.0计算机软件,进行传递连锁不平衡检验及相关分析。结果1、D7s500位点稳定分离出12个等位基因。2、46例核心家系中,排除资料不全难以进行基因分型者5例及纯合子父母家系6例,最后35例家系进行TDT分析。3、微卫星DNA D7s500等位基因10,杂合子型父母向子代传递等位基因的数目为10,未传递等位基因的数目为2,有显著性差异（x2=5.333,P＜0.05）。先天性肛门直肠畸形D7s500等位基因10存在传递连锁不平衡。结论1、先天性肛门直肠畸形的D7s500位点等位基因10存在传递连锁不平衡,shh基因可能与人类先天性肛门直肠畸形相关。2、D7s500位点可以稳定分离出12个等位基因片段。