牙鲆(Paralichthys olivaceus)冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)基因克隆、表达分析及3D结构预测

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冷诱导RNA结合蛋白(Cold-inducible RNA-binding protein,CIRP)是富含甘氨酸(Gly)的RNA结合蛋白家族成员之一,是一类重要的mRNA分子伴侣蛋白。冷诱导RNA结合蛋白是第一个从哺乳动物中分离得到的冷休克蛋白。该蛋白在冷休克或冷诱导过程中对细胞具有重要的生理作用。自从冷诱导RNA结合蛋白基因在哺乳动物中被克隆得到以后,学者们在哺乳动物和两栖类中对其进行了广泛的研究。随着研究的深入,研究结果表明该蛋白在许多生理过程中起重要作用。例如,冷诱导RNA结合蛋白对两栖类的冬眠、生物节律性周期的维持以及正常胚胎发育均具有重要作用。目前,关于冷诱导RNA结合蛋白对鱼类正常条件下的生理及胁迫条件下的相关作用研究相对较少。对鲤鱼生长相关EST-SSRs标记的分析及大菱鲆性别相关基因研究分别发现冷诱导RNA结合蛋白与生长和性别相关。因此,本研究中对牙鲆冷诱导RNA结合蛋白基因进行克隆和表达分析,并初步探索其表达调控机制及其发挥功能的机制。本研究中,首先通过同源克隆和RACE技术克隆得到牙鲆CIRP基因cDNA全长序列。该基因cDNA全长1596bp,其中ORF长597bp,编码的蛋白由198个氨基酸残基组成。预测发现该蛋白序列N端包含RRM结构域,C端富含甘氨酸(Gly)并且存在Arg-Gly-Gly(RGG)重复序列。通过PCR扩增得到了牙鲆CIRP基因全长序列。通过分析可知,该基因包含7个外显子和6个内含子,并且所有的内含子均符合GT-AG规则。利用染色体步移法克隆得到了4K长的该基因的5’侧翼序列,并在启动子区域鉴定出了许多转录因子结合位点。除了HSF、SRY等转录因子结合位点外,在外显子1区域附近预测到一个CpGs位点。通过对不同性别个体、不同组织该区域DNA甲基化水平研究发现该区域甲基化水平较低。通过荧光实时定量PCR分析发现CIRP基因在牙鲆成体各个组织中广泛表达,并且在卵巢中表达量最高,在其他组织中表达水平较低。对牙鲆不同发育时期胚胎的定量PCR分析发现,在牙鲆卵细胞中CIRP基因具有表达且表达的mRNA是母源性的。同时研究发现该基因的表达在囊胚期和神经胚期间上调并且达到峰值后逐渐下降。为了获得冷诱导RNA结合蛋白与mRNA相互作用的信息,对牙鲆CIRP蛋白的3D模型结构进行了预测。预测结果显示在该蛋白分子表面具有一个裂缝结构。这暗示了其与mRNA分子的作用机制。为了进一步研究该蛋白与mRNA的研究机制而构建了表达载体,为进一步得到该蛋白奠定基础。总之,本研究的结果显示在牙鲆中CIRP是一个多功能的蛋白分子,而且对其三维结构的预测为理解蛋白功能实现的机制提供了非常重要的信息。
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