目的:1)探讨建立并完善准确、客观、可操作性较强的符合新疆特色的三级甲等医院综合效益考核评价指标体系,旨在为医院管理部门提供一套完整而科学有效的三甲医院综合效益评价体系框架;2)通过应用TOPSIS方法对三所新疆三级甲等医院进行综合效益的比较分析,分析影响医院综合效益因素,为各医院找出自身不足,有针对的提高医院的工作效率和绩效,提出可行性的分析,以推动医院管理体制的发展。方法:1)通过文献研究法、Delphi法确定新疆三级甲等医院综合效益考核评价指标体系,并用优序图法为指标体系赋权重;2)采用TOPSIS法对三所医院的综合效益进行比较分析。结果:1)确定了符合新疆特色的三级甲等医院综合效益考核评价指标体系。指标体系分为三级,一级指标3个、二级指标7个、三级指标32个并赋予权重;2)应用TOPSIS方法对新疆三所三甲医院2002年至2006年的综合效益进行横向比较分析,并对各医院2002年至2006年的综合效益进行年度间的纵向评价。结论:本研究所建立医院综合效益考核评价指标体系对了解新疆地区三级甲等医院的发展状况和水平,提高医院管理水平,强化服务意识,提高对患者的服务质量具有重要意义。