高通量测序技术在非小细胞肺癌基因检测中的应用研究

来源 :华南理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xieqi_1314
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原发性肺癌是我国发病率及死亡率增长最快的恶性肿瘤之一,在男性患病率高居恶性肿瘤第一位,女性中排名的第二位。肺癌发病率最为常见的是非小细胞肺腺癌,部分基因的突变会导致肺癌的产生,如在部分患者中能检测到EGFR、BRAF、KARS等等基因发生突变。在现阶段临床可通过定量即时聚合酶链锁反应(Quantitative real time polymerase chain reaction,Q-PCR)、非放射性原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,Fish)、多重引物PCR(multiplex PCR)等方式对患者进行相关位点的基因突变检测,这些技术存在一次只能检测一个基因或检测成本高等问题。二代高通量测序方法(Next Generation Sequence,NGS),可有效的实现不同基因和不同药物作用位点的一次性检出。本实验室设计了一个含284个肺癌相关基因的探针,用于临床肺癌样本基因组DNA经过酶切打断后获得DNA文库的杂交捕获测序,进行非小细胞肺癌基因突变的临床检测。在本研究存在4个优点:1)建库起始量降低至100ng;2)使用酶切建库发替代物理超声波打断法;3)能同时对单核苷酸位点变异(single nucleotide variants,SNV)、插入缺失标记(insertion-deletion,Indel)、融合基因(Fusion Gene)等不同突变类型进行检测;4)建库时间由3天缩短至1.5天;5)同时对比了BGISEQ-500测序仪与HISEQ-4000的数据,结果显示两者间的一致性极高,基于成本的考虑,我们选择了BGISEQ-500测序平台。本研究对已有的85例样本,进行了EGFR基因L858R、T790M突变、E746-A750缺失、KRAS基因G12D突变和EML4-ALK融合基因的突变检测,并比较在双脱氧链终止法(sanger法)测序平台、突变扩增系统(amplification refractory mutation system,ARMS)平台、免疫组织化学技术(immunocytochemistry,IHC)平台的一致性验证,其符合度分别为94.1%、96.5%、95.3%、98.8%、100%,结果显示NGS检出结果与各平台结果均有良好的一致性。使用自配标准品(EGFRL858R、EGFR19exondel、KRASG12D、ALKFusion)进行10%、5%、3%、2%、1%、0.5%等频率的检测,个别基因最低可检出0.5%。该建库试剂盒的应用能有效的缩短临床服务周期、大大降低临床检测成本。
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