为了严厉打击贪污贿赂、恐怖活动等重大犯罪,并与我国已经加入的国际反腐、反恐公约相衔接,在2012年第十一届全国人民代表大会第五次会议上,通过了《关于修改<中华人民共和国刑事诉讼法>的决定》,其中增设了违法所得没收程序。违法所得没收程序的增设有着多方面的积极意义,不仅完善了我国现有的刑事没收体系,有利于打击日益严重的贪污贿赂犯罪和恐怖活动犯罪,而且响应了联合国反腐、反恐公约的要求,为我国寻求更多的国际司法协助提供了更广阔的平台。但据调查研究显示,自2013年1月1日该程序正式施行以来,其在全国范围内的实施效果却并不理想,这不仅体现于其适用案件过少,而且在适用过程中还暴露了一些比较突出的问题。本文总结了违法所得没收程序在我国司法实践中出现的一系列突出问题,并在此基础上分析了问题的成因,然后据此提出了一些对策建议。分析违法所得没收程序在我国的立法现状及理论研究现状是我们了解该程序在我国当前适用困境的前提,通过分析可知,当前我国法律对违法所得没收程序的规范总体呈现出一种法条粗疏、原则性强的特点,导致在司法实践中对有关法律规范出现了很多理解上的争议,这也成为违法所得没收程序在我国适用效果不甚理想的主要原因之一。另外,对我国关于违法所得没收程序的理论研究现状进行分析,不仅是因为它为程序的设立提供了丰富有力的理论基础,更是因为它也为解决特别没收程序的适用困境提供了理论上的支持。通过分析,本文认为违法所得没收程序的困境主要是由四个方面原因造成:制度定位不明确、立法规范不完善、具体的程序规则不健全、相应的配套保障措施不到位。针对这些问题,我们需要通过明确制度定位、完善立法规范、健全程序规则、完善配套保障措施来一一应对。任何制度的设立与运行都是一个逐步发展的过程,不可一蹴而就,笔者希望通过对我国现有研究的总结,为解决我国违法所得没收程序的困境贡献自己的一点力量。