全基因组研究是分析细菌的遗传特性、菌株的亲缘关系和毒性特征的重要方法。本文主要基于屎肠球菌基因组信息，来系统的分析其相关特性。屎肠球菌在自然界通常扮演两种角色，共生于人肠道的细菌及重要的医院病原菌，后者常伴随有多种抗生素耐药性。然而，分离于不同环境的菌株，其基因组往往表现出很大的多样性。本文首先对28株来源不同的屎肠球菌进行比较基因组分析，揭示屎肠球菌基因组的开放特性及其亲缘关系。在分析这种亲缘关系时，分别采用了16SrRNA、MLST、核心基因组的方法。随后，针对一株医院病原屎肠球菌C309，我们以全基因组分析为研究手段，试图建立一套标准的医院病原菌的分析方法。为了获得较为完整的基因组，我们采用三种不同的新一代测序平台（Roche的454GS-FLX，Illumina公司GAIIx，ABI公司的SOLiD4.0）对C309进行全基因组测序。同时，我们建立了一套混合拼接的方法，相比单一平台的拼接结果，三种平台数据的混合拼接，能够得到更加完整的基因组。此外，通过评估不同测序平台之间的偏好性如覆盖深度的偏好、特定序列的偏好（GC含量，k-mer多样性）和平台特异性替换错误的偏好，给出了一些可以帮助细菌基因组拼接的指导建议。在C309全基因组功能分析中，基于KEGG、COG、ARDB和PAIDB数据库，对其基因功能模块的注释，分析基因富集的主要代谢通路,特异性蛋白的来源，耐药性和潜在毒性。我们的研究将对其他基于基因组病原微生物的研究工作，具有直接的指导意义。论文的第四章为博士学习期间另一部分主要研究工作，该部分介绍了人类疾病相关基因的表达敏感特性，展示与不同疾病相关的基因，受到外界扰动时，基因的表达差异特性。我们发现癌症、衰老和药物基因组学相关基因都表现出非易扰性，而精神类，化学药物依赖类和生殖相关的基因都表现出易扰性。因此，研究疾病基因的表达敏感性，可能有助于疾病的病因查找和发病机制的阐述。