知识经济迅猛发展的时代，国家之间经济实力的竞争其实质为科技的竞争。一国经济能否快速、持续、稳定的发展取决该国的科技实力，高新技术产业作为在高新技术基础上发展起来的企业群体，其发展规模和速度是综合国力提升的重要体现，近年来我国高新技术产业的迅猛发展有力促进了社会经济发展和产业结构调整，重视高新技术企业的发展是推动经济增长的有力举措。相对传统企业而言，技术以及其成果是高新技术企业发展的命脉，随着企业人才间的频繁“跳槽”、对外交流以及互联网的发展，企业面临着前所未有的技术秘密保护风险，以技术秘密形式存在于高新技术企业的技术信息保护问题逐渐得到人们的广泛关注。技术秘密具备商业秘密所有特征但又不同于商业秘密，针对高新技术企业技术秘密保护问题，我国已形成多部门法保护的法律保护体系，但仍有明显不足，为解决高新技术企业在发展中的技术秘密流失问题，本文试图从系统论的角度阐释高新技术企业技术秘密保护问题，在全面分析我国高新技术企业目前保护现状，探究导致技术秘密流失的原因基础上以系统论思想基本原理，将高新技术企业技术秘密保护看做一个系统，在对外发生联系、作用中，从整体把握技术秘密保护系统，多层次、自我改善的思路设计企业技术秘密保护系统并提高该系统的功能，使之趋于完善和优化。本文分为四个部分：第一部分简要介绍了本文研究的背景和方法，归纳国内外学者有关高新技术企业的认识、技术秘密保护方式以及保护问题。第二部分详细介绍了高新技术企业、技术秘密的基本概念，重点剖析了高新技术企专有有的特征和技术秘密区别于一般商业秘密的重要特质。第三部分分析了我国高新技术企业技术秘密保护现状，指出技术秘密保护出现的问题及其原因，介绍国外对技术秘密保护的先进做法。第四部分从系统论角度分析我国高新技术企业保护体系，分析我国技术秘密保护体系的不足，运用系统论的基本原理提出对技术秘密保护的体系建设。