“国之大事莫重于祀，而孔庙之祀尤其所至重者。”孔庙从祀作为儒家学术最忠实的风向标，学者在孔庙的进黜，位次的升降，都是学术思潮变迁的反应。万历十二年，廷议将王阳明、陈献章、胡居仁一同从祀孔庙，对当时的政治、思想学术、科举等方面产生了很大的冲击。王阳明从祀争议涉及的人物之多、争议之广在明代极为罕见。文章透过对万历十二年（1584）王阳明从祀争议过程的考察，发掘中晚明学术思想的变迁，以及理学内部流派之间的对话与竞争。　　自王学遭到禁毁后，陆九渊的入祀打开了心学进入官方意识形态的缺口，但王阳明从祀在隆庆和万历初元经历了挫折。万历十二年王阳明得以从祀孔庙在一定程度上是对张居正禁毁讲学的反动。　　学术与政治、思想之间的发展是一个互动的过程，王阳明从祀的争议过程是政治性与学术性并存的。内阁与六部、南与北之间对王阳明从祀有着截然不同的意见。部分学者对王阳明从祀持折衷态度，由于阳明学派已经成为社会上不可忽略的力量，再加上在朝王学的努力，内阁不得不主张调停，将胡居仁、王阳明、陈献章一同入祀孔庙。　　万历十三年（1585），唐伯元上《从祀疏》和《石经疏》，奏请将王阳明罢祀孔庙，并将《石经大学》颁布学宫。《石经大学》将“修身”置于“格物”、“致知”之上，对朱子《章句大学》和王阳明《大学古本》形成了有力的挑战，它的传播是中晚明朱子后学、阳明学、湛学、止修学、修身学、东林学派、蕺山学派等理学流派之前互相竞争的产物。王门对待唐伯元和《石经大学》的不同态度体现了王门内部的分化以及“心即理”体系的动摇。　　万历十二年的孔庙从祀是明中后期三大流派王学、湛学、朱子学共同角逐的舞台。东林诸子对阳明从祀持保留态度，岭南湛学学者和以及福建的“闽学”士大夫对王阳明从祀提出了挑战。　　王阳明从祀孔庙给明代政治、学术、社会等方面带来了一系列的冲击和变革。由于阁部双方在王阳明从祀问题上的分歧，阁部之争日趋激烈，开启了“后张居正时代”的党争。学术上，朱陆调和思潮逐渐兴起、科举发生了转向、书院得到了修复、阳明学讲会再度兴起，晚明王学也走向了内敛。　　在中晚明“心即理”体系产生动摇、理学流派纷起的历史背景下，王阳明虽然得以入祀，然而整个过程遭遇了强大阻力，王门在应对这场阻力时也意见不一，体现了晚明王学的传播实际上已经难以为继。