自明末传教士来华,中西方两种异质文化的碰撞、交流与融合也由此开始。清初,在民族情感与文化差异的交织下爆发了杨光先反教案,以杨光先为代表的保守士人依附政治权势取得了初步胜利。随着清朝政权更迭,康熙亲政,统治者对于历法选择的标准终于回归理性,历狱案迎来了重要转机。南怀仁多次开展日影测验等天文观测活动,展示了西方历法理论预测与实际天象的高度一致,击败了回回历,为西方历法赢得了权威地位,因为这符合中国古代以合天为本检验历法优劣的判别标准,其实质则是中国儒学重视见闻之知的哲学认识论传统对西法的接引作用。传教士重新执掌清朝的修历大权,统治者对其信赖有加、不断对其委以重任,但他们却开始谎报日月交食,照抄预测值为观测值,而且在使用西方星表时直接将星表中的数据进行归算、折算而不予实测。传教士这种行为不仅是维护西方历法权威地位的需要,而且反映出他们所具有的朴素的“观察负载理论”的认识论思想,他们能够意识到历法预测与实际观测结果之间不会存在绝对的一致性,天文观测活动受观测仪器、自然天气等因素的影响总会存在不可避免的误差,他们认为观察是可错的,并未将每一次天文观测活动均当作“判决性实验”,不认为每一次的观测对于历法理论预测与计算都具有绝对的检验意义;明清儒士则认为观测是客观的、精确的,在儒家知识论重视经验的思想影响下,他们将天文观测活动看作“判决性实验”,力求每次观测都能够同历法预测与计算相一致。中西双方赋予了天文观测活动不同的认识评价标准,来华传教士不得不在古代中国“合天为本”的指导思想下对“误差”进行解释与权衡。虽然中西方赋予“观测”以不同的认识论地位,但是不可否认双方都十分重视“观测”在历法发展过程中的重要性。传教士利用实际天象来证实西方的新天文表,在一定程度上肯定了观测活动所发挥的判决性实验的作用,他们谎报日月交食正是其在天文学领域奉行“合儒”策略的表现。回顾清初天文学发展史,从整体上验证了历史主义科学哲学家库恩所提出的科学发展的模式。当历法预测值与实测值不符时,中西双方均不会立即“证伪”现行的历法理论,而是重新对宇宙模型与历法理论进行调整与修改。从清初启用汤若望进呈给朝廷的《时宪历》,到康熙朝编制《御制历象考成》,再到雍正朝编写《御制历象考成后编》,清朝官方天文学体系不断更新,历法改革并非一蹴而就,“反常”的积累是推动历法改革的前提条件。传教士与西方科学家、天文学家保持着密切的联系,他们斩获西方天文学新知是清朝改历的前提条件,新理论取代旧理论,新范式取代旧范式,每一次改革必然有新的西方天文学理论的引进,西方天文学理论引入中国也伴随着本土化的“改造”,中国传统儒学影响着西方科学在中国传播的内容、形式及范围,清初天文学在中西双方的冲突、差异、妥协与融合中取得了新的进步。