近年来,在国家政策的支持引导下,我国农民专业合作社数量迅猛增长,众多新模式、新业态不断涌现,政府资金、社会资本不断涌入,农村土地、房屋等闲置资源被进一步盘活,农业农村发展环境急剧变化,合作社治理问题逐步凸显。由于我国农民合作社发展起步较晚,发展水平整体较低,国内学者的研究侧重于政策与法律保障等外部环境,在内部治理领域的研究尚待完善。合作社治理结构不合理与治理机制不完善,严重束缚了合作社发展,直接影响了农民的收益,因此,对合作社治理的研究呼之欲出。目前,农民专业合作社正处于突飞猛进的关键期,也是由不规范向规范化治理的转型期。在快速发展的过程中,普遍存在着治理结构不合理、治理机制不完善的问题。本文依据委托代理理论、利益相关者理论、交易费用理论,采用文献资料法、调查研究法、对比分析法等研究方法,在系统梳理合作社治理相关研究成果以及借鉴国内外农民合作社治理经验的基础上,对章丘区农民合作社的治理状况进行了分析,并提出了优化治理结构与治理机制的具体措施。文献分析发现,以德国为代表的国外学者高度关注合作社的社会和文化属性,国内学者则更加关注农民专业合作社的经济属性,将其作为发展农业产业的经济载体。在合作社治理上,国内外学者大都基于委托代理理论、交易费用理论对合作社治理进行研究,认为产权制度、治理结构与治理机制对合作社治理具有很大影响。针对国内外先进合作社治理模式的研究发现,美国“新一代合作社”注重构建股权联结机制,吸收社会资本参与,德国合作社更加注重强化审计监督,日本合作社侧重为农户生产经营提供公共服务。我国袁家村等通过交叉持股来平衡成员之间利益分配,实现整体利益最大化;梁子湖区中兴土地合作社则为了降低风险将股权限定在本村范围内;烟台格瑞特果品专业合作社则通过人员“双向进入、交叉任职”的方式强化党组织参与合作社治理,以此提升合作社的治理有效性。本文认为提升合作社治理有效性是推动合作社发展的核心动力,也是一个系统性工程。在调研济南市章丘区S农民合作社的治理状况,借鉴国内外农民合作社治理经验的基础上,本文从强化合作社治理文化、健全治理结构、完善治理机制等方面提出改善农民专业合作社治理的具体对策建议,为进一步提升合作社治理水平、促进合作社规范运行、充分发挥合作社的作用提供参考借鉴。本文创新体现为提出了构建股份联接激励机制和强化党组织参与合作社治理,在理论层面上丰富了国内相关领域的研究,延伸了治理理论在农经领域的应用,拓展了党组织参与治理的应用空间,为后续对农民专业合作社治理的相关研究以及提升农民合作社治理水平提供了较为重要的借鉴。