鱼类浮游生物种类组成、时空分布和群落特征是认知海洋渔业资源和生态环境的重要基础之一。为了深入认识南海东北部鱼类浮游生物的种类组成、分布及其对黑潮入侵的响应，需对南海东北部鱼类浮游生物的物种组成和群落结构及其与黑潮入侵的关系进行研究，为海洋渔业资源和生态环境保护提供参考。　　本研究于2014年5月-2016年3月间选择四个季节航次开展鱼类浮游生物采集，利用线粒体细胞色素C第Ⅰ亚基为研究片段的DNA条形码技术与传统形态学方法结合，分析了南海东北部春季、夏季、秋季和冬季四个季节鱼类浮游生物的物种组成和时空变化特征。在此基础上结合四个季节黑潮入侵南海东北部的变化，揭示黑潮入侵对南海东北部鱼类浮游生物种类组成、分布和群落结构的影响;同时研究冬季黑潮水体指示种柔身纤钻光鱼（Sigmops gracilis）仔鱼的食物组成，并探讨仔鱼食物组成对南海东北部黑潮入侵的响应。主要的研究结果如下:　　(1)线粒体COI片段的分子生物学方法能准确对南海东北部鱼类浮游生物进行种类鉴定。在南海东北部海域开展的四个季度调查共鉴定出315个种类(taxa)鱼类浮游生物，隶属于18目84科。鱼类浮游生物物种组成上的重要特征主要表现为深海/远洋种类比例较高，最优势种是串光鱼1（Vinciguerria sp.1），其次是窝斑鰶(Konosirus punctatus)和串光鱼2（Vinciguerria sp.2）等。鱼类浮游生物的群落结构特征表现出明显的季节差异，四个季节的物种组成和个体数量存在较大差异。春季鱼类浮游生物种群结构相对稳定，多样性指数高、种类组成最复杂。春季最优势种类分别为窝斑鲦，串光鱼1和圆鲹（Decapterus sp.）;秋季依次为串光鱼1、大西洋犀鳕（Bregmaceros atlanticus）和犀鳕1（Bregmaceros sp.1）;夏季依次为串光鱼1、串光鱼2和副鳚（Parablennius sp.）;冬季则依次为柔身纤钻光鱼、灯笼鱼(Myctophidae sp.)和大鳞鲆（Tarphops sp.）。　　(2)黑潮入侵南海东北部对该海域的鱼类浮游生物分布具有明显的影响。首先表现为黑潮入侵在物种的迁移上具有影响，柔身纤钻光鱼可随着黑潮从东部的吕宋海峡迁移到南海东北部。在群落结构方面，黑潮水体控制区域的鱼类浮游生物群落与其他区域具有明显区别。其次是在食物供给方面，黑潮入侵还与中国沿岸流共同作用，在台湾浅滩区域形成上升流，可能给仔稚鱼提供了良好的生存环境和充足的食物。　　(3)应用高通量18S rDNA测序方法对黑潮指示种柔身纤钻光鱼仔鱼进行食物组成分析。柔身纤钻光鱼肠道内含物组成的测序分析共获得了40个OTU，鉴定为24个种类，后生动物种类最多，其次是囊泡虫类。后生动物的栉水母序列数量最多，是仔鱼最主要的食物来源。栉水母在食物中的含量大致呈现出在黑潮上游占比最高，下游占比较低的变化。仔鱼食物的物种数量分别由黑潮向西南和向北分别呈现出先增加后减小及逐渐降低的变化;仔鱼食物物种的序列数量除了西南向末站位具有较高的值外，其他站位大致呈现出随着黑潮上游—下游逐渐下降的趋势。此外，食物优势种中，栉水母、管水母和未归类的后生动物分布受黑潮洋流从上游—下游流动的影响。随着黑潮从上游向下游的流动过程中，栉水母的分布逐渐减少。而管水母和未归类的后生动物则与栉水母大致呈相反的分布趋势。