在解决流域内水资源生态资源环境保护与社会经济发展之间所存在的矛盾的途径当中，构建流域内水资源生态补偿机制是一个非常有价值的研究领域。赣江是江西省内流入鄱阳湖之五大河流中的第一大河流，占五河入湖总水量的75%以上，干、支流自南向北流经47个县（市），在江西流域内水资源生态环境的保护中，居于十分关键的地位。因此，赣江流域水资源生态补偿机制的研究和建构，既是鄱阳湖生态经济区建设和保护鄱阳湖“一湖清水”的关键，又能为建设鄱阳湖生态经济区、构建整体生态补偿机制做基础性的准备，提供某些新鲜经验。本文以赣江流域内的水资源为例，试图从国内外有关流域水资源生态补偿的实践与经验出发，研究赣江流域水环境现状、当前赣江流域水资源生态补偿存在的主要问题，阐释赣江流域水资源生态补偿的继承与创新，积极探讨构建包括对赣江源区水资源涵养的特殊补偿、区域断面水资源贡献补偿、行政区断面水质奖惩机制在内的一个较为系统的赣江流域水资源生态补偿机制，并尝试性地提出赣江流域水资源生态补偿机制的运行机制，试图探索出一种构建赣江流域水资源生态补偿机制的破题思路。