对于企业,税收负担是影响其经营表现的重要因素。我国目前正在加快建设创新型国家的脚步,实现科技自信,因此创新方面的研发投入变得尤为重要。在进入后疫情时代之际,健康中国2030规划纲要战略目标的提出,让医药制造业的重要性变得不言而喻。因此本文立足于医药制造业,探讨流转税税收负担和所得税税收负担分别对企业绩效的影响,并引入研发投入作为调节变量,研究其调节作用。本文首先对国内外相关研究成果进行整理后发现税收负担、研发投入、企业绩效三者的衡量指标呈现多元化,大部分研究结论表明税收负担与企业绩效负相关。其次对流转税和所得税对企业绩效的影响路径进行梳理,发现流转税税负和所得税税负可以通过占用资金、影响可支配收入等方式影响企业绩效,所得税税负还通过影响净利润来影响企业绩效。由于本文着眼于医药制造行业,对该行业的税收规模、研发投入、经营情况进行梳理有利于后续深入研究。相关数据表明,近年来该行业税收规模逐年递增,对制造业的税收贡献率保持在2%-3%;研发经费支出在工业行业中占比在4%左右,绝对额逐年递增,但增长率逐年下降;规模以上医药制造业企业利润趋于平稳,资产总额逐年递增,但营业收入在2016年有所下降。为了探究医药制造业税收负担与企业绩效的关系,本文根据证监会2012年版的分类,选取2012-2019年A股上市公司的数据作为研究样本,将流转税税负与所得税税负分别作为核心解释变量,企业绩效作为被解释变量,利用固定效应模型研究该问题。通过研究本文得出结论,即流转税税负与企业绩效不存在显著的负相关关系;所得税税负与企业绩效显著负相关,研发投入能够削弱所得税税负的负作用;非国企的经营绩效和研发投入都高于国企;国企与非国企的流转税税负大致相同,国企的所得税税负更高。基于以上结论提出了建议:企业要加大对现行税收优惠政策的了解利用,加强内部税务管理,完善研发管理制度。政府方面要重视相关税收优惠政策制定,完善激励措施和监管体系,创立规范的营商环境。