硅藻是海洋生态系统中的初级生产者,也是海洋浮游植物的主要类群,在海洋生态系统能量流动和物质循环中起着极其重要的作用。硅藻的形态多种多样,由几个或很多细胞个体连结成各种各样的群体,是具有色素体单细胞的一类光能自养植物,分布较广。硅藻不仅可以评估环境质量,还能提炼生物柴油,在生物能源和环保领域的前景十分广阔。但是目前硅藻的分类鉴定比较混乱,直接影响了对硅藻的研究和应用。生物多样性研究向来是学者们关注的科学问题,生物物种的准确鉴定是分类学家一直追求的目标。由于传统分类学家的减少、分类经费的不足和复杂的形态多样性,利用传统分类工具对庞大的海洋生物群落进行分类鉴定很有难度。传统分类依据形态学鉴定方法,易受多种因素影响,比如在不同的发育阶段,它们的形态会产生差异。伴随分子生物学的发展,最新提出的DNA条形码技术已成为生态学研究的重要工具。即利用一段短的DNA序列作为物种快速鉴定标记,并以此构建DNA序列和生物物种之间的对应关系。目前,DNA条形码已经被应用于动、植物和微生物界的物种鉴定,推进了生物分类学发展,同时也帮助生物学家进一步了解生态系统内发生的相互作用关系。为了探讨硅藻的多样性分布问题,本研究从不同生态环境下采集藻种资源,经过实验培养后,分离纯化出实验用单一藻种,并利用DNA条形码技术对所采集的不同生态环境条件下藻种进行鉴定调查,以便确定其分类地位和进化关系。主要结论如下:1对不同生态环境下采集的藻种样本,采用平板划线法、平板滤膜法、逐步稀释法和微吸管分离法等手段来分离纯化藻种,共分离纯化得到92株微藻。2应用DNA条形码方法对分离出的92株微藻进行分类鉴定。采用rbcL、COI、SSU和LSU四个基因位点进行标记,在NCBI数据库将测序得到的序列与其它种(已有编码序列)查找比对,从而获得分类信息。并将所有的序列上传至NCBI数据库中,获得GenBank登录号。3通过计算其遗传距离,并应用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,同时结合距离法、单倍型和ABDG方法进行分析。发现rbcL和COI基因位点相结合是适合标记硅藻条形码的基因位点。rbcL、SSU、LSU序列是有效的条形码基因位点,并且可以用于识别硅藻物种,但是这三个序列不能用来区分关系较近的硅藻藻种。NCBI数据库里rbcL位点资源最全,较为保守;COI资源虽少,但为高变区,可区分关系较近的硅藻藻种。rbcL序列和COI序列相结合可以应用于硅藻的快速鉴定,是比较适合的分子标记。本实验通过对不同生态环境采集分化出的92株硅藻,分别从科、属、种分类水平进行条形码分析,得到准确的分子鉴定。DNA条形码能够对硅藻大部分种类正确鉴定,并纠正某些已发表硅藻分类出现错误的信息。隐存种的发现对硅藻实际应用和多样性保护具有重要意义,并提醒我们要更加关注被忽略的海洋隐存多样性现象。