生物对变化环境的适应,对种群的重要性不言而喻。蜜蜂可以在各种环境、气候为植物传粉,是各种农作物、蔬菜和果树等显花植物最佳授粉昆虫,同时对地球生态平衡的维持也具有重要作用。中华蜜蜂是东方蜜蜂的亚种,对中国原始自然环境和本土的生态系统以及物种多样性具有重要的意义。近年来由于中国人口持续增多,支离破碎和恶化的栖息地环境对蜜蜂健康及其承受冬季生存的能力造成了巨大压力。通过对蜜蜂的全面了解,对提高全球粮食产量,侦测环境变化程度,保护生态平衡有重大意义。另一方面,中华蜜蜂的进化生物学方面的研究,对探索其应对气候变化的适应性机制,从而对整个中华蜜蜂的进化和适应提供基础知识。本研究创新型的通过形态和基因组学相结合的方法对华东地区的蒙阴、沂源、枣庄、五莲、崂山、六安(华北中蜂)及中国中部地区的青川、武隆、汉中(华南中蜂)以及海南岛的文昌市(海南中蜂)共11个地区31个群体462只中华蜜蜂进行了39个代表形态性状的测定,每个群体中我们又抽取了8只中华蜜蜂,总共243只蜜蜂进行了2b-RAD简化基因组测序。通过对采样地区的蜜蜂表型数据的比对,发现中华蜜蜂大部分形态指标间存在显著差异(P<0.05),提出了通过翅脉角的指标作为快速分类的方法,共分为4四个生态型,海南型,华中型,华东一型,和华东二型(沂源(YY),蒙阴(MY)和六安(LA)为一型,临朐(LQ),枣庄(ZZ),日照(RZ)为第二型。测序获得了11506个高质量SNP位点,其中次要等位基因频率(MAF)>1%,各样品的平均Unique标签数目为49,055,平均深度达到72.61x,所有样品Unique标签比对率为64.27%~86.33%,通过比对参考基因组获得差异SNP,我们利用基因组学评估了群体结构和遗传多样性,采样地区的中华蜜蜂近交系数(Fst)为0.132(0.041-0.257),多态信息含量为0.236,处于中度遗传分化状态,遗传距离0.46-2.73.发现在亚种水平具有较大的遗传差异,特别是在华东地区。选择进化分析共筛选出121个SNP,有效等位基因数为1.46,获得117个选择进化的基因ID,利用高Fst差异和GO注释提供了“发育过程”、“代谢过程”、“生物调节”、“免疫系统过程”、“催化活性”五组候选基因,富集了“Wnt信号通路”、“Hippo信号通路”“代谢通路”三条显著的KEGG通路。发现了部分华北地区和中部地区中华蜜蜂之间发生过历史迁移,在平原地区,人类活动导致生境破碎的程度更大,保护中华蜜蜂多样性的工作应着重生态的连通性,建立栖息地走廊对于保护当地遗传多样性很重要,气候类型对群体遗传分化的影响小,群体分化状况和海拔高度呈显著负相关(R~2=-0.5545),位于低海拔地区蜜蜂群体的遗传分化产生了波动;通过对中华蜜蜂群体结构的空间特征进行检测,发现结构特征不明显,物理障碍在一定程度成为这种高度迁徙物种的分化的驱动因素。总而言之,本研究发现中华蜜蜂在亚种水平具有较大的遗传差异,通过对不同地区环境变化的差异进行比较,发现中华蜜蜂对气候变化具有巨大的潜力,为中华蜜蜂的研究和保护提供了理论基础。