辣椒用途广泛,是重要的蔬菜作物,具有丰富的种质资源。色素辣椒是指专门用来提取辣椒红素等天然色素的辣椒,目前我国高产优质的高红色素专用辣椒品种匮乏。对辣椒种质资源的农艺、品质性状及其遗传多样性进行全面调查与评价是开展色素辣椒品种改良和新品种选育工作的重要基础。本试验对55份色素辣椒种质资源的33个表型性状进行了调查鉴定和分析评价,并从140对SSR分子标记中筛选出21个多态性良好的标记对辣椒材料进行了遗传多样性分析。主要结果如下:1、供试材料株型以半直立型为主,分枝性以中等为主,红熟果色以暗红色为主,果形以长锥形为主。表型性状的遗传多样性指数较高,平均多样性信息指数为3.96,平均变异系数为0.28,单果重、单株果数、单株产量等性状的变异系数较大,具有较丰富的遗传变异和选择潜力,遗传选育价值较高。2、供试材料中,‘g1’、‘S71-1’、‘S48’、‘S75’、‘g81’等9份材料是高产育种的重要材料。色价值12以上的辣椒材料有16个,色价16以上的有3个,分别是‘g1’、‘g81’、‘S81’,是高色价辣椒育种资源。3、对表型性状进行相关性分析,与辣椒单株产量呈显著正相关的有果肉厚、单果重和单株果数。与辣椒色价呈显著正相关的有叶宽、单果重、心室数、可溶性蛋白含量、果宽和红熟果色,与色价呈显著负相关的有单株果数、果形指数。可以通过选择具有单果重、果实宽、果肉厚等特性的辣椒资源进而选育高产高色价的色素辣椒材料。4、利用灰色关联度和通径分析方法分析影响色素辣椒的产量及营养品质的因素,单果重和单株果数对单株产量的影响最大,其次是分枝角度、叶长、叶宽、果肉厚。叶长、叶宽、对椒分枝角度、门椒分枝角度、始花节位等性状对干物质、维生素C、可溶性糖、可溶性蛋白、色价的影响较大,果宽、株高、果肉厚、单果重对辣椒碱的影响大。因此,色素辣椒进行品种选育时,应综合考虑单果重、果肉厚、叶面积、分枝角度等方面的影响。5、利用聚类分析方法,55份试验材料基于27个农艺性状可分为6类,可以将单株产量相近的聚到一块,其中第四、五、六类包括的9份辣椒材料单株产量高,是高产育种的材料。55份试验材料基于色价划分为6个大类,第五类和第六类共包括3份材料,色价在16以上,是高色价育种资源;第四类的10份材料色价均高于13,可以作为提高色价育种资源,其他类群可作为资源保留。6、对色素辣椒不同时期和不同烘干温度下红色素含量变化的研究,发现辣椒进入转色期后,辣椒红色素含量逐渐增加,先缓慢增加后迅速增加,红熟期后趋于平缓,因此色素辣椒在完全红熟后即可进行采收。色素辣椒在不同温度下烘干时,45℃～75℃范围内色价几乎不变,75℃以上时色价逐渐减小,且温度越高色素的稳定性越差,因此色素辣椒进行烘干处理时应将温度控制在75℃以下比较合适。7、55份色素辣椒基于21对分子标记扩增结果进行聚类,在遗传距离为0.71处被分为6大类,基本上可以将来源相近、果型相似的辣椒材料聚到一类,较好的揭示了材料的遗传多样性,有助于进一步提高育种效率。