高新技术产业已经成为我国战略性主导产业，在促进经济增长和提高国民经济方面拥有其产业独特的竞争力。尤其是，自从中国加入世界贸易组织以后，企业之间的国际竞争日趋激烈，掌握充分利用现有技术的方法，以及提升企业技术创新能力，是提高企业竞争力的关键所在。只有拥有企业竞争力才能在国际竞争中脱颖而出，而企业竞争力集中体现在企业效率上。提高企业的效率可以通过加强企业的自主创新能力，再以效率来促进业绩的增长，这是我国企业提高竞争力、参与国际竞争立于不败之地的关键所在。本文以探索我国高新科技企业的效率评价为起点，致力于探究制约高新科技企业继续高速蓬勃发展的主要因素，寻求提升我国各省市高新科技企业运营效率的方法。首先分析了传统企业效率评价方法对高新科技企业效率的局限性，考虑了高新技术产业多投入、多产出、高风险的生产经营模式以及创新技术投入形成效益的滞后性，选择了更能有效分析出制约高新科技企业效率因素的数据包络分析法。基于历年各省市高新科技企业经营的实际数据，建立DEA评价模型，在CCR与BCC静态模型的基础上，引入Malmquist指数分析，利用动态数据包络分析法对高新技术产业整体效率进行研究，分析高效率决策单元投入要素关系，并从中探究影响高新科技企业经营绩效的主要影响因素。这不仅是对高新科技企业的效率评价理论研究具有实践意义，而且还对指导各省市高新科技企业实际运营中参与决策具有一定的实际意义。在具体的实证研究中，利用DEA模型测度了我国19个省市高新技术行业2009年到2012年四年中的的综合效率、纯技术效率、规模效率等，结合Malmquist指数分析方法，并就影响高新科技企业技术效率与生产率提升的因素进行分析。研究结论表明技术水平的不足是制约高新科技企业效率的主要原因，所以从提升高新技术企业的技术水平入手，可以更快更有效更准确地达到提高企业经营效率的目标。本文在结论部分为各省市高新技术产业的运行提供有针对性的意见和建议，可以此为高新科技企业决策管理提供借鉴与参考，使得各省高新科技企业管理决策人员可以找准短板，以准确有效地手段促进企业高效运营。在对DEA模型的基础上，对我国高新科技企业的运行效率进行科学合理的评估，分析结果表明了：高新科技企业效率高的一般处于经济发展水平较好的地区，但地处经济发展水平好省份的高新科技企业却不一定拥有较好的企业生产效率。虽研究表明在2010到2011年间，因为高新科技企业收到产业结构优化与经济模式转变等多方面影响，企业效率有所受挫。但从整体来看我国高新科技企业效率总体较稳定提升，规模、技术、管理水平等都不断向着提升企业生产效率的方向靠拢。最后结合数据分析给予的针对各省市高新科技企业技术、规模、管理水平三方面的建议外，再综合考虑高新科技企业所面临的来自国内国外的外部性因素影响。督促高新科技企业经营决策者去关注不仅仅是企业自身规模效率、技术效率以及管理水平这些内部因素，还要及时了解和掌握企业外部市场变化情况。从而拟定最佳最优的生产经营方案，作出科学有效的决策，推动企业改进经营管理模式，提高企业经济效益。