水作为生态环境和自然资源的重要组成部分，是人类生存与发展的基本条件。随着人口的增加和经济的发展，在“无水是沙漠，有水是绿洲”的黑河灌区，水资源短缺已经成为严重制约黑河流域社会经济发展和生态环境建设的重要“瓶颈”。 黑河流域水资源短缺和生态环境严重恶化的根本原因除水资源供给约束外，主要是由于现行的一系列水资源配置制度存在问题，难以对节约用水和提高水资源配置效率发挥激励和约束作用。在流域节水农业建设已经具备一定程度的技术保障和较为丰富的经验基础上，要实现水资源配置的社会价值最大化，关键在于进行制度创新，从水权制度、组织管理制度改革、水价改革和水市场安排等方面建立完善的节水农业制度创新体系。 通过对黑河灌区及张掖市节水农业制度的实证研究，结果表明： 1、节水农业制度的创新并不完全是一种政府推动下的强制性制度变迁，而是政府在放松约束下的一种诱致性的制度变迁行为。时滞和路径依赖问题阻碍着制度变迁的进程。 2、从诱导节水农业制度创新的因素看，水资源日益短缺、生态环境日趋恶化、水资源管理体制存在缺陷等因素是引起灌区节水农业制度创新的重要因素。只有制度创新的潜在收益大于制度创新的成本时，制度创新才会发生。 3、明晰水权的初始分配制度、建立和实行可交易水权制度、推行水票制，把水权机制引入到水资源的配置过程中，有利于降低交易成本，鼓励公众参与，实现水资源的合理配置。 4、鼓励以建立农民用水者协会的公众参与式用水管理，实现用水者自主管理灌区水利设施和有偿用水的模式，提高用水户节水积极性，保证灌区的良性运行，是一种符合灌区实际情况的农业灌溉用水管理模式。 5、建立科学合理的水价机制和管理机制，完善水价制定方法，实行科学的分类水价制度，利用经济杠杆促进农业节水，促进水资源的优化配置。 6、由于水资源具有公共物品和外部性等特点，单纯的市场机制、单纯的政府机制、或者单纯的产权机制都不能实现水资源的高效配置。政府宏观调控下产权明晰的水资源准市场配置是实现节水农业制度创新的关键。