本文以九寨沟自然保护区为研究实体,借助地理信息系统软件Arcinfo9.0和遥感技术,采用GAP (a Geographic Approach to Protect Biological Diversity)分析方法,在定性描述研究区物种多样性、生态系统多样性特征的基础上,以九寨沟自然保护区生物多样性的保护现状为研究对象,结合人类干扰分布及现有保护网络,对珍稀植物、重点保护鸟类、珍稀兽类、两栖爬行动物四类物种分别进行保护空缺分析,找出未受到保护的物种和区域,即"gaps"，分析出现"gaps"的原因,并有针对性地从资源保护、资源管理及游客管理三个方面提出了保护建议。主要研究结果如下：1、不同功能区域内受到的干扰源存在差异性,核心区以偷猎、放牧和挖药为主,缓冲区以放牧为主,试验区以旅游为主。2、植被类型由12类构成,主要群落为冷杉林、云杉林的亚高山常绿针叶林面积最大,约占全区总面积的39.95%。3、人类活动是影响动物物种分布及产生保护空缺的主要原因,其中旅游活动的干扰尤为突出。四类被研究的物种中,珍稀植物、重点保护鸟类、珍稀兽类的主要分布范围均以核心区为主,适合后两者生存的海子等生境受到强度较高的旅游活动影响是此分布特征的直接原因,而对原生生境依赖性大、对环境变化十分敏感的两栖爬行动物主要分布区仍位于试验区,但数量在急剧下降中。4、以现有的保护站管护范围为依据,划分出7个保护空白片区,其中红豆杉、银杏、独叶草、红花绿绒蒿、领春木、红椿、水獭、牛羚、斑羚、绿尾虹雉、藏雪鸡、蓝马鸡、血雉、斑尾雉鸡、雉鹑等物种是特别需要立即采取保护措施的重点保护物种。