新建本科院校在服务地方经济社会建设,推动我国高等教育的战略性结构调整和布局优化,推进我国高等教育大众化程度的不断提高等方面做出了重大贡献。同时,由于高等教育体制机制改革创新力度不够,高等教育发展的外部制度环境不够优化,政府财政支持乏力；更由于新建本科院校本科办学历史较短,教育思想和教育观念相对陈旧、本科教育教学理念尚未真正形成,办学条件和师资力量相对薄弱,内部管理体制机制缺乏生机活力、现代大学制度尚未真正建立,加之院校整合所带来的诸多管理上的不利条件的制约等原因,新建本科院校在发展中面临着教育教学质量不尽如人意、学生就业困难、办学效益低下等一系列亟待解决的问题。正确认识和解决这些问题,既是加强学校内涵建设、尊重高等教育自身发展规律的需要,也是办好让人民满意的高等教育、提高学生就业能力和创业能力的需要,更是服务地方经济社会建设、构建和谐社会的需要。新建本科院校的组建方式主要有独立升本、合并升本和改制三种,一般具有地方性、多科性、应用型等特点。新建本科院校在绩效管理方面存在诸多问题,如：考核办法重复交叉、叠床架屋,考核工作量过大；考核指标设置简单,难以做到定性与定量有机结合；考核周期一刀切,难以实事求是反映工作业绩；考核结果运用单一,难以对绩效管理起促进作用;考核对象主要是教职工个人,未能形成完整的绩效考核链；考核工作容易流于形式,难以起到激励作用等。平衡计分卡(Balanced Scorecard)作为一种战略性绩效管理理论,自问世以来,被广泛应用于企业、政府和非政府组织,对于提高各类组织的绩效发挥了积极作用。在新建本科院校中实施平衡计分卡管理系统,有助于学校准确定位、确立发展战略,有助于管理人员增强管理能力、改善管理绩效,有助于提高治校办学水平和效益。新建本科院校的绩效特征主要表现为目标的多元性、绩效评价的多元性和绩效结果影响的长期性等三个方面。基于新建本科院校的办学特点和绩效特征,在构建平衡计分卡时,既要体现其作为本科高校所具有的一般特点,又要突出自身特征。新建本科院校的战略地图包括学校的使命、核心价值观、愿景、战略以及财务、利益相关者、内部业务流程、学习与成长四个层面。由于大学是一个利益相关者组织和非营利性组织,故将企业战略地图通用模板中的客户层面改为利益相关者层面,将财务层面和利益相关者层面置于同一个层面,以体现高等学校的特点。新建本科院校在平衡计分卡的设计上,要注重目标、指标、目标值和行动方案四个组成部分的内在逻辑联系,从实际情况出发,具有操作性,目标值的确定不低于教育部规定的普通高等学校基本办学合格标准。大学组织所具有特殊性,新建本科院校所面临的制度性和体制性问题,都不利于平衡计分卡管理系统的推行和实施,但这也正是我们力推平衡计分卡管理理论的原因。新建本科院校应该依法办学,完善治理结构,建立现代大学制度；强化内涵建设,实施绩效管理,力求自我约束、自主发展；努力提高人才培养质量和科学研究水平、增强服务社会能力,提升办学效益和水平。