伴随着经济全球化和区域化的发展以及知识经济的兴起，科技日益成为推动一个地区经济发展的根本动力，创新能力也已成为影响一个地区经济增长质量和国际竞争力的关键因素。人力、财力、物力和知识等创新资源作为“第一资源”也已成为地区经济发展的重要保障，地区之间的竞争将更多地围绕创新资源而展开。而区域创新系统在整合区域创新资源、提高区域创新资源配置效率、提升区域创新能力、带动区域经济发展、增强区域竞争力方面也起到了越来越重要的作用。在区域创新系统内实现创新资源的优化配置是区域经济发展的根本要求，同样也是浙江省经济发展的根本需要。 本文从创新资源配置的基本理论出发，对浙江省区域创新资源的配置效率进行评价。创新资源的配置效率，就是在一定的时间、空间组织内协调、分配创新资源，使配置后的科技资源达到最佳结合而发挥最大效能。本文运用DEA方法和主成分分析法，选取与浙江省经济发展水平相当或以上的区域进行初步比较评价后发现，浙江省的创新资源投入和产出效率并不高。本文认为，导致创新资源配置效率相对低下的原因可能是浙江省创新资源配置的现行模式不能适应浙江省当前及未来经济发展的需要。因此论文详细分析了浙江省创新资源配置的现状，研究表明浙江省创新资源的配置模式是以计划为主市场价格为辅的配置模式和以市场价格为主计划为辅的配置模式并存的创新资源配置模式，在这种混合配置模式下，创新资源投入总量不足，区域内各创新主体的发育程度与浙江省产业集群发展之间不匹配，创新主体之间配置结构不合理。因此要改善和提高浙江省创新资源的配置效率必须从改变配置模式着手，论文最后提出了优化浙江省区域创新资源配置效率的对策。