三农问题成为中国目前迫切需要解决的一个问题。从农村税费改革到免除农业税,再到农业补贴,这些虽然在一定程度上减轻了农民的负担,但是却不能从根本上解决农民的天然“弱质”性带来的问题。合作社的出现为解决这一问题提供了可能。笔者结合对我国农民专业合作社进行的实证考察,就合作社治理中执行机制问题进行研究。在廓清合作社执行机制概念的基础上,对合作社的理事、理事会、理事长和职业经理人的权利义务等进行了细致的理论分析。结合实证调查,指出目前的合作社在执行机制方面存在理事会规模设置不合理、机构设置失衡、职业经理人缺失等一些列问题。由于我国的农民专业合作社处于发展的初期阶段,借鉴国外先进合作社的成功经验成为必然。本文选取了有代表性的美国、日本、加拿大、德国等国家的合作社进行分析,研究总结他们在合作社发展中的先进经验,以期对我国的合作社发展有所裨益。在对我国合作社进行实证研究的基础上,结合国外合作社发展的先进经验,就我国合作社执行机制存在理事会规模不适中、核心成员权力过大、执行人员专业水平低等系列问题,提出了合理控制理事会规模、引进外部理事、培养职业经理人等一系列具体的解决方案,并对我国农民专业合作社的发展提出自己的思路。