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目的：本课题的研究重点是应用生物信息学的研究方法与研究工具,对与CHD相关的PITX2基因c亚型的编码区SNPs进行分析、筛选,确定可能影响基因功能的SNPs位点。进而在CHD与健康对照人群中用实验的方法对所得SNPs位点予以验证,探讨其与中国人群CHD的相关性,为预防和减少CHD的发生及制定CHD防治对策提供科学理论依据。方法：1.利用NCBI网站SNPs数据库查找PITX2基因c亚型编码区所有SNPs,同时运用在线生物信息学工具SNPper软件查找PITX2基因c亚型编码区的非同义SNPs。比较两种查询结果,参考相关文献,最终确定所要研究的SNPs位点。2.进行临床数据资料和临床标本收集和整理。采用病例-对照研究方法,采集入组CHD患者和健康对照组患者外周血2ml,以枸橼酸钠抗凝,于-80℃保存备用。3.基因测序并评价SNPs位点和CHD的相关性。血液基因组DNA提取→引物准备→PCR扩增目的片段→PCR产物的鉴定→PCR产物测序→数据分析。运用SPSS17.0软件进行相关数据分析：Hardy-Weinberg遗传平衡检测样本是否符合孟德尔遗传规律；病例-对照组间SNPs位点等位基因频率及基因型频率的比较,各基因型与CHD发病危险性的关系。结果：1.确定的PITX2基因2个SNPs位点分别为rs1051887:316G>C (Glu106Gln), rs28936409:272G>C (Arg91Pro)。2.本研究所涉及的2个SNPs, rs1051887及rs28936409,在病例及对照组中均未见多态性结果。3.综合dbSNP数据库和SNPper软件的检索结果,确定本实验首次发现了PITX2基因的304C>G (Glu102Gln)位点存在C/G基因型,该SNP位于PITX2基因同源结构域内的外显子5内,mRNA序列第942位C→G,导致第102个氨基酸由谷氨酸(Glu, E)→谷氨酰胺(Gln, Q),属非同义cSNP。4.数据分析结果显示,全部3个SNPs位点的病例组及对照组的基因型分布经Hardy-Weinberg遗传平衡检测无差异(P>0.05),即样本符合孟德尔遗传规律。5.本研究新发现的PITX2基因SNP位点304C>G (Glu102Gln),病例-对照研究发现,CHD组的CG基因型频率高于对照组(x2=7.177,P<0.05),且等位基因的频率亦高于对照组χ2=5.566, P<0.05), CG基因型的OR=2.667,所以CG基因型使CHD发生的危险度增加。6. PITX2基因新的SNPs位点304C>G (Glu102Gln),病例-对照研究发现,间隔缺损类CHD组CG基因型频率高于对照组(x2=6.400,P<0.05),且等位基因的频率亦高于对照组(χ2=5.120, P<0.05), CG基因型OR=2.778,所以CG基因型使间隔缺损类CHD发生的危险度增加。7.PITX2基因新的SNPs位点304C>G (Glu102Gln),病例-对照研究发现,心血管畸形类CHD组的CG基因型频率高于对照组(x2=11.868,P<0.05),且等位基因的频率亦高于对照组(x2=9.351,P<0.05),CG基因型OR=4.000,所以CG基因型使血管畸形类CHD发生的危险度增加。结论：1.通过对PITX2基因进行生物学信息分析,综合dbSNP数据库和(?)SNPper软件的检索结果,参考相关文献,选择位于PITX2基因外显子5内两种检索方法共有的SNPs,分别确定SNP位点：rs1051887:316G>C (Glu106Gln)及rs28936409：272G>C (Arg91Pro),并将其作为本组研究的PITX2基因的SNPs。2.选定的2个SNPs:rs1051887:316G>C (Glu106Gln)及rs28936409：272G>C(Arg91Pro)在病例-对照组中均未见多态性结果,推测上述2个SNPs位点可能与本组CHD的发生无关。3.综合dbSNP数据库和SNPper软件的检索结果,确定本研究首次发现存在个新的SNP位点304C>G (Glu102Gln)。直接测序结果发现位于PITX2基因外显子5内,发现了该位点CG基因型,mRNA序列第942位C→G,导致第102个氨基酸由谷氨酸(Glu, E)→谷氨酰胺(Gln, Q),属非同义cSNP。4. PITX2基因的新的SNP位点304C>G (Glu102Gln)的CG基因型,对CHD的发生可能有重要的致病作用(CG基因型OR=2.667)。其中,对间隔缺损类CHD的发生可能有重要的致病作用(CG基因型OR=2.778),并且对心血管畸形类CHD的发生也可能有重要的致病作用(CG基因型OR=4.000)。