本文从我国事业单位的独特性入手，具体分析了我国事业单位存在的问题、我国事业改革取得的成绩以及事业单位改革过程中遇到的阻力，以公共治理理论为基础，建立了本研究关于我国事业单位制度变革的理论分析框架，对当前事业单位改革中的一系列问题进行系统研究，其间以镇江市事业单位改革进行典型案例分析，认为我国事业单位改革现在到了必须重新明确纵深改革目标的阶段，其中最关键的就是明确各类不同的事业单位与政府与社会及其相互之间的关系定位，建立公共治理框架下的政府企业和第三部门联动的多元网络治理机制，将现有的事业单位分三大类深化改革：使行政执法类事业单位回归政府主体（这并不困难）；使经营类事业单位转为企业，进入市场成为营利组织（这在前期改革已经初见成效）；使公益类事业单位转变为社会治理中的第三部门－即国际标准意义上的公共组织（非营利组织、非政府组织），这是当前看来最困难的部分：其中改革攻坚部分一是需要进行“二次认定”，二是即进一步明确区别其中两类事业单位，一是政府直接财政投入的事业单位（如一流高等学府和大型公办医疗中心或医院等科教文卫机构，本文暂称之为政立事业单位），二是其余大部分的社会基础层面上、政府基本不再给予财政投入而迫其自行运营自我管理的事业单位（本文暂称社立事业单位）；两者共同构成公共组织的组成部分，从事科教文卫等方面的公共服务，这构成改革攻坚的第三个难点，即如何建立和完善民间资本主导投入和运营的公共运作模式和机制。本文就这些问题进行了规范理论分析和实证及案例研究，并从多元网络治理的角度提出我国事业单位改革的政策建议：一是进一步明确改革目标的全局战略，整体推进事业单位改革；二是完善配套机制，为非营利性事业单位发展创造良好的社会环境创新机制；三是非营利性事业单位改革的基本途径：社会化和市场化；四是强化政府对非营利性事业单位的监管和分类改革后的事业单位内部管理，建立双向问责机制，同时加强对社立型事业单位监管和政府自身约束，切实保证多元网络治理架构下的我国事业单位的制度变革走出既有中国特色同时又可以在管理体制和运作机制上进行国际接轨的一条全新道路。