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罗非鱼（Tilapia）俗称“非洲鲫鱼”，原产非洲，属于鲈形目（perciformes）、鲡鱼科（cichlidae），共三属，约100多种。自上世纪50年代，我国先后引进了莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼等品种，至今已成为世界上最大的罗非鱼养殖国家。但由于早先引进的罗非鱼基础种群太小，有些还是从第三国引进的，多存在遗传瓶颈问题；此外，由于罗非鱼可以种间杂交并且后代可育，致使我国养殖罗非鱼群体的遗传渐渗或混杂现象比较严重，从而导致罗非鱼的种质质量急剧下降，出现了生长速度减慢、性成熟年龄提前和繁殖力下降等一系列问题，已大大制约我国罗非鱼养殖业的进一步发展。因此，培育出生长速度快、性状优良的罗非鱼品系是我国罗非鱼养殖的当务之急。
本论文旨在运用微卫星和SNPs分子标记技术，进行进行标记-性状连锁分析，寻找影响罗非鱼生长性状的分子标记，为罗非鱼选育提供遗传学依据，从而加速育种进程、减少育种中的盲目性、提高育种效率，具有十分重要的理论和实践指导意义。具体如下：
1.与尼罗罗非鱼生长相关的微卫星DNA标记的筛选和验证
利用SPSS软件一般线性模型（GLM）对65个微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了分析，结果表明，在鹭业群体中有8个微卫星标记（UNH130、UNH183、UNH911、GM558、UNH211、UNH176、UNH914和UNH974）与体重等主要生长性状显著或极显著相关（P<0.05或P<0.01），其中有2个微卫星标记（UNH914和UNH974）与番禺群体的体重等主要生长性状显著或极显著相关（P<0.05或P<0.01），1个微卫星标记（UNH176）只与体重显著相关（P<0.05）。对与生长相关的标记进行多重比较，结果找到了对3种性状有利的基因型或等位基因。
2.罗非鱼MC4RcDNA和基因组DNA的克隆黑素皮质素受体-4（Melanocortinreceptor-4，MC4R）是5种已被发现的黑素皮质素受体家族成员之一，属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族，对于调节动物的采食量、体重及能量稳态有着重要的作用。应用RT-PCR和RACE技术首次获得了尼罗罗非鱼MC4R基因cDNA序列，全长为1543bp，其中5非编码区为477bp，3非编码区为82bp，开放阅读框（ORF）长984bp，共编码327个氨基酸，其蛋白等电点为8.17，相对分子量为36.7kD；应用基因组步移技术获得了MC4R基因组DNA序列，全长为2547bp，其中5侧翼序列长为148lbp，3侧翼序列长为82bp，转录区序列长为984bp，只有一个外显子。
3.罗非鱼MC4R基因SNPs的筛选和关联分析本研究采用PCR产物直接测序法、PCR-RFLP和CRS-PCR技术对尼罗罗非鱼MC4R基因启动子和外显子区域进行了SNPs位点的检测和分型，结果共检测到5个SNPs位点（-G1000C、-T974A、C276T、C561T和C708T），其中外显子上的3个SNPs位点均为同义突变。利用一般线性模型分析5个SNPs位点与尼罗罗非鱼生长性状的关系，结果表明，5个SNPs位点不同基因型之间体重均值差异最大值分别为9.5％、23.2％、14.4％、18.6％和13.5％，没有达到显著水平（P>0.05）。将5个SNPs位点不同基因型组合成7种双倍型（去掉频率小于3％的组合），关联分析表明，在体重和体长这两个主要生长性状方面，双倍型D4与D1、D3和D6存在显著性差异（P<0.05），双倍型D2与D3、D6也存在显著性差异（P<0.05）。因而可以考虑将MC4R基因作为影响罗非鱼体重等生长性状的候选基因，应用于罗非鱼分子标记辅助育种。