从世界角度看，加强区域合作，推动经济发展，已成为时代的潮流。因此，以更为广阔的视野研究深港合作无疑具有重大意义。本文在学界众多研究成果的基础上，综合运用经济学、博弈论及公共行政学等多学科理论对深港合作进行分析，重点研究深港合作中政府间关系，为深港合作的研究提供了一个崭新的视角。 在研究的体系上，本文首先以区域经济学、博弈论及政府间关系等相关理论深入剖析了深港合作的本质，为后文的研究奠定理论基础，然后详细分析了深港两地发展与合作的历史及现状，从中找寻问题和症结，论证了深港合作是多赢这一命题。接下来在系统比较各种深港合作目标的基础上，给出了全新的深港合作战略定位以及实现这一战略目标的路径选择。 本文在研究过程中，运用了实证与规范分析法、制度分析法与博弈论、比较法等研究方法，论证了以下观点： (1)区域合作是市场要求的必然，因此，深港合作是市场经济发展的产物，深港合作是市场要求的必然。深港合作市场要求的必然性体现在中国宏观经济发展与深港区域经济发展两个方面。两城进一步加强合作是名副其实的多赢策略。就目前情势而言，深港合作能否成功主要取决于政府而非市场和民间。 (2)深港合作成功的标志是深港走向一体化式的合作。基于一体化视野下的深港合作战略目标定位在于把深港建设为世界级大都市。该战略的关键是以加强区域行政管理为核心，实现深港合作由经济领域向行政领域的全方位转变。 (3)一体化式合作的战略目标可通过政府间关系的有效调适，制度性安排的建立和完善和重点性领域的加速突破来实现。 (4)政府间关系的有效调适是深港合作中关键的关键。由于深港合作中的政府间关系调适范围涵盖了中央政府、深港两地地方政府及公民社会等多个层面，因此，以“管治”为理念的多领域互动是调适途径的正确选择。由于政府也呵能遭遇失败，因此，以政府为主导的深港合作还要求建立并完善制度基础，制定完整的区域规划及政策并注重与中央及相关区域规划政策的衔接。在有效的区域行政管理及制度基础的管理和引导下，对高新技术产业、金融业、物流业、旅游业、教育、人才等领域的突破将最终引导深港合作步入实质性的一体化阶段，从而实现共建全球大都市这一宏伟战略目标。