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本研究针对近年来北京地区肾综合征出血热(HFRS)发病日趋上升的疫情形势，就宿主动物、毒株特点及HFRS病人感染汉坦病毒(HV)的特征等方面进行了系统的分子流行病学调查研究。首先选取近年来发病较高的海淀区城乡结合部作为调查点，捕捉宿主动物，运用现代分子生物学检测手段，基本确定这一地区优势宿主为褐家鼠，主要流行株是与S3亚型代表株Z37亲缘关系较近的的Seoul病毒。然后从褐家鼠肺组织中分离了汉坦病毒，并对其中的BjHD01株M和S全基因序列进行了测定和分析。结果显示，它与其他Seoul病毒的基因序列基本相似，但其氨基酸序列具有独有特征。系统发育分析提示，北京地区毒株在其进化史上可能与不同来源的Seoul病毒存在广泛的交互作用。通过病例感染病毒的分子流行病学调查研究提示在北京地区治疗的病人包括两部分：于外地感染在京治疗者及本地感染治疗者。北京地区Seoul病毒流行株可分为两个基因簇，一簇分布于北京西南、西北近郊和城市中心地区，另一簇分布于北京东北近郊和西北远郊地区，两簇在朝阳和顺义的交界区附近交叉分布。北京市不同发病状况的地区流行毒株各有其独有的氨基酸特征。小家鼠虽然能够感染Seoul病毒，但由于其体内病毒发生的变异，作为传播宿主的地位可能有限。无论是在动物宿主体内还是在病人体内，Seoul病毒均以变异混合体(Quasispcies)形式生存，其S片段3’末端均可发生末端序列缺失，这可能是病毒适应环境的机制之一。但缺失碱基数在人体和动物宿主体内可能不同，还有待于进一步研究。本研究针对北京地区疫情形势从宿主、病原、病人三个角度、不同层面进行了系统的分子流行病学调查研究，对北京地区汉坦病毒的基因特征、感染来源、分布和流行规律进行了全面分析，深入探讨了北京近年来HFRS疫情攀升及病例分布不均衡的主要原因及病毒的适应机制、变异特点，为制定科学、有效的预防和控制措施提供了理论基础和决策依据。