本文将房地产市场视为复杂系统，采用复杂系统科学“自下而上”的研究方法，按照“微观→中观→宏观→国际比较”的研究思路，以房价研究为主线，分层次研究中国房地产市场存在的问题。在微观层面上，首次提出商品住宅参比成本模型，可在信息不完备的情况下估算住宅项目成本，对房价构成的分析表明，地方政府和开发商是从高房价中获益的两大主体。在中观层面上，本文提出由收入不平等引发居住分类、进而产生城市经济分割的agent-based model，模拟当住房商品化发展到一定程度后会产生城市内部的经济分割。在宏观层面上，本文以TEI@I方法论为指导，提出预测商品房销售价格的研究方法，用事件分析法对政策的分析结果表明，“国八条”对房地产投资和房价上涨有显著的抑制作用，但是“国六条”没能抑制住宅投资额的增长。针对房地产泡沫问题，本文采用国际比较的方法，通过分析日本房地产泡沫经济时期的表现，运用判别分析法建立房地产泡沫识别模型。在短视理性预期均衡的理论框架下，本文引入“负红利”的概念，证明土地价格在实际贴现率下是一个贴现鞅，并根据地价涨幅建立泡沫预警模型，实证结果表明，杭州、上海和沈阳在2004年和2005年的房地产泡沫程度很高。基于以上研究，本文在最后为中国城镇住房制度改革提出四点建议。