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本研究以宁夏、甘肃、青海、新疆和内蒙的22个苦豆子居群为材料，通过种子形态特征、发芽特性和RAPD、ISSR分子标记探讨不同苦豆子种质资源的遗传多样性，分析其种质资源之间的亲缘关系，旨在了解其遗传背景，为科学合理地利用苦豆子资源、驯化、引种、栽培等工作提供一定的理论依据。研究结果如下：
（1）对22个苦豆子居群的种子形态、大小、千粒重和发芽特性等性状进行调查。结果表明苦豆子种子最大的是4.75 mm × 3.50 mm，最小的是3.80 mm × 2.90 mm，千粒重为15—26 g；对8个具有代表性居群种子活力的研究表明，以No.103和No.122居群的苦豆子种子活力最高，其发芽指数分别为36.51、36.24，活力指数为1323.49、1274.56。除种子大小这一性状外，其余性状的变异系数都超过10%，表明不同居群的苦豆子间具有一定差异。
（2）建立并优化了适合于苦豆子遗传多样性分析的ISSR反应体系。确立ISSR最佳反应体系为：10 × Buffer 2 μl，Mg2+6 mM/L， DNA 10 ng，Primer 30 μM/L，dNTp1.0 mM/L，Taq酶2.0 U，加ddH2O至20 μl。
（3）从300个RAPD引物中筛选出重复性好且扩增条带清晰的引物31个。其中多态性位点百分率为90.76%，Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数分别为0.3015、0.4531，遗传距离变幅范围为0.1142—0.7091。RAPD的UPGMA聚类分析与主成分分析结果表明，22个苦豆子居群聚为6类，苦豆子居群间出现了一定的遗传分化。
（4）从150个ISSR引物中筛选出重复性好且扩增条带清晰的引物51个。其中多态性位点百分率为93.30%，Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数分别为0.3351、0.4998，遗传距离变幅范围为0.1736—0.6502。ISSR的UPGMA聚类分析结果表明，22个苦豆子居群聚为6类，苦豆子居群间出现了一定的遗传分化。
（5）RAPD和ISSR分子标记遗传多样性分析结果表明，ISSR分子标记的遗传多样性参数均比RAPD的高，表明ISSR标记比RAPD标记检测的遗传多样性能力更好。两种分子标记对22份苦豆子种质资源的聚类结果基本一致。其遗传距离和相似系数的相关性分析表明，相关系数为0.6681，且达到极显著水平。