国外对于医药企业技术创新效率的定量研究始于20世纪70年代，而国内研究只停留在探索阶段，尚未形成权威的评价与测度体系，研究医药企业的技术创新效率对于国内医药企业的技术变革与经济增长具有十分重要的意义。本文拟在建立医药企业技术创新效率综合指标评价体系的基础上，首先通过带有AHP约束锥的DEA改进模型计算浙江省16家上市医药企业在2006-2010年间的各类技术创新效率值并进行分析和超效率值排名；其次采用集合间相对有效性评价方法对浙江省16家上市医药企业和全球16家著名制药企业进行技术创新效率的差异分析和超效率值排名；再次，采用面板数据模型中的广义矩估计方法评估影响浙江省上市医药企业技术创新效率值的主要因素。本论文的创新点主要有三点：（一）采用带有AHP约束锥的DEA改进模型；（二）采用集合间相对有效性评价方法进行差异分析；（三）采用可以防止随机干扰和允许异方差存在的GMM模型进行影响因素的研究。这些方法都是首次运用于医药企业技术创新效率的测度与分析，可为医药产业技术创新的进一步研究奠定基础。本论文的研究成果是得出了32家制药企业的技术创新排名与非有效性改进方法，并且研究发现浙江省医药企业技术创新效率的主要影响因素为研发技术人员投入、研发资金投入强度、企业内部管理水平。研究结果对浙江省医药企业的改进具有指导意义，可为国家及地方医药产业的转型升级提供政策参考。