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在全球气候持续变暖引起海表温度升高、珊瑚大规模白化的频度和强度都在加大的背景下，于2013年9月至2014年8月对南海北部海南岛三亚(109°28′E，18°13′N)和文昌(110°56′E，19°35′N)9种主要造礁石珊瑚共计679个珊瑚样品开展了珊瑚共生藻密度和光合效率（ΦPSⅡ）的季节性变化特征调查研究。得出以下主要研究结论: (1)造礁石珊瑚共生藻密度在珊瑚种类及形态上存在显著差异，热胁迫耐受性强的块状珊瑚种类如澄黄滨珊瑚和菊花珊瑚，其共生藻密度总是显著高于热白化敏感性高的枝状珊瑚种类。块状珊瑚共生藻密度的年均值为5.26±0.43×106cells cm-2，是枝状珊瑚共生藻密度年均值（2.33±0.24×106cells cm-2）的2.3倍。进一步分析认为，珊瑚共生藻密度的水平差异是影响珊瑚热白化敏感性的主要因素，共生藻密度高的珊瑚种类更倾向于对热胁迫具有耐受性。 (2)造礁石珊瑚共生藻ΦPSⅡ在珊瑚种类及形态上差异显著，枝状珊瑚种类如鹿角珊瑚和指状蔷薇珊瑚，其共生藻ΦPSⅡ总是高于块状珊瑚种类。枝状珊瑚（鹿角珊瑚、蔷薇珊瑚）共生藻ΦPSⅡ的年均值为0.703±0.006，明显高于块状珊瑚（滨珊瑚和菊花珊瑚）共生藻ΦPSⅡ的年均值0.634±0.009。进一步分析认为，澄黄滨珊瑚的低光合效率可能导致其共生藻为珊瑚宿主提供钙化所需光合产物的能力低，而高光合效率则为枝状珊瑚在珊瑚群落钙化能力上的主导作用提供了强有力的证据支持。 (3)主要造礁石珊瑚共生藻密度和ΦPSⅡ存在显著的季节变化特点:在海南三亚，5种造礁石珊瑚（澄黄滨珊瑚、十字牡丹珊瑚、松枝鹿角珊瑚、粗野鹿角珊瑚和风信子鹿角珊瑚）共生藻密度在冬季低而春夏季相对较高，共生藻ΦPSⅡ在冬季高而春夏季相对较低。在海南文昌，澄黄滨珊瑚共生藻密度在秋季最高、冬季最低，粗糙菊花珊瑚和网状菊花珊瑚共生藻密度在冬季最高、春季最低，这3种块状珊瑚共生藻ΦPSⅡ都在秋冬季较高、春夏季偏低;而2种枝状珊瑚（指状蔷薇珊瑚、佳丽鹿角珊瑚）共生藻密度和ΦPSⅡ均未呈现显著的季节变化特征。 (4)水体无机营养物和上升流可能是影响造礁石珊瑚共生藻密度季节变化的主要因素，而光照则可能是驱动共生藻ΦPSⅡ季节变化的主要因素;在全年任何季节，9种石珊瑚共生藻的ΦPSⅡ都远高于0.5，显示海南岛主要造礁石珊瑚在目前环境状态下尚处于比较健康的生理状态。 (5)三亚和文昌造礁石珊瑚共生藻密度没有显著的区域差异，但ΦPSⅡ区域差异显著，即三亚珊瑚共生藻ΦPSⅡ显著高于文昌。进一步分析认为，珊瑚礁区风浪和波能的不同，可能是造成三亚和文昌珊瑚共生体ΦPSⅡ差异的原因。 (6)海南岛三亚和文昌澄黄滨珊瑚共生藻的密度及光合效率具有一致的季节性变化特征:共生藻密度在夏秋季较高，冬季最低;其光合效率在冬季较高，春夏季较低。结合环境因子分析发现，SST和水体营养是驱动海南岛澄黄滨珊瑚共生藻密度及光合效率变化的主要环境因素。