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目的:通过分析长江大学第二临床医学院临床患者送检标本中分离的碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)抗生素敏感性试验结果,了解CRE菌株对临床常用抗生素的敏感程度,为临床有效治疗方案提供理论数据;统计CRE住院患者的基本临床特征,提醒临床对易感人群和重点科室进行监测与积极防控;探讨本院非肠道来源和肠道来源CRE菌株中产碳青霉烯酶的主要类型和其他耐药分子型别,为有效控制CRE的院内传播及合理的临床治疗提供科学依据。方法:收集长江大学第二临床医学院微生物室2017年5月至2019年5月临床送检标本中分离的156株CRE,其中分离自直肠拭子筛查标本65株,分离自其他部位的非直肠拭子标本91株,剔除相同患者同一部位重复分离的相同菌株。利用Excel软件统计分析所有耐药菌株的菌种分布、科室来源、标本来源。采用Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统和基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometer,MALDI-TOFMS)进行细菌鉴定。使用药敏卡检测临床常用抗生素的敏感性。PCR方法检测碳青霉烯酶基因,包括blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaVIM、blaOXA-48类;超广谱 β-内酰胺酶基因(Extended-spectrum β-Lactamase,ESBL),包括blaTEM、blaSHV、blaCTX-m;粘菌素耐药基因mcr-1;膜孔蛋白基因,包括OmpK35、OmpK36;耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌毒力基因检测,包括magA、wcaG、rmpA。采用多位点序列分型(Multiple Locus Sequence Typing,MLST)对所纳入研究的 91 株 CRE感染菌株中肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和阴沟肠杆菌进行分子流行病学分析。结果:(1)本次课题研究共纳入156株CRE菌株,包括65株CRE定植菌和91株CRE感染菌株,均以大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌耐药的肠杆菌科细菌较常见。CRE定植菌中大肠埃希菌检出率最高,CRE感染菌株中肺炎克雷伯菌检出率最高。CRE感染菌株中科室来源分布占据前三的主要见于重症监护病房27株,占比最高为29.7%(27/91);儿科15株,占比为16.5%(15/91);外科病区中,其中泌尿外科11株,占比为12.1%(11/91),且感染菌株来源科室较CRE定植菌科室分布广泛,均在重症监护病区CRE菌株多见;CRE感染菌株分离自痰液40株,占比为44.1%(40/91);其次为尿液17株,占比为18.7%(17/91);血培养10株,占比为11.1%(10/91)。(2)受试菌株抗生素敏感性结果中,CRE感染菌株对头孢唑林、头孢西丁、头孢曲松、氨苄西林、亚胺培南、厄他培南、阿莫西林-克拉维酸的耐药率均大于90%以上,仅对阿米卡星、替加环素耐药率较低。CRE定植菌株对头孢吡肟、阿米卡星、复方新诺明、呋喃妥因和哌拉西林-他唑巴坦的耐药率均高于CRE感染菌株,前者除阿米卡星和呋喃妥因,其余三种耐药率均大于90%。(3)mCIM试验筛选碳青霉烯酶的敏感性为97.1%,特异性为100%。65株CRE定植菌中,50.8%菌株产碳青霉烯酶,其中3.1%的菌株携带两种碳青霉烯酶,均由耐碳青霉烯大肠埃希菌携带,主要产碳青霉烯酶为blaNDM,其次为blaKPC和blaVIM;91株CRE感染菌株耐药基因检测结果中,碳青霉烯酶基因检出率为74.7%,blaNDM 检出率为 42.8%,blaIMP 检出率为 17.5%,blaKPC 检出率为 16.4%;blaVIM检出率为5.4%;blaOXA-48类检出率为1.0%。CRE定植菌和CRE感染菌的主要碳青霉烯酶基因均为NDM酶,产KPC酶和OXA-48类酶的肺炎克雷伯菌主要分离自临床感染标本而非直肠拭子筛查标本中,IMP酶在CRE感染患者中分离率较高。(4)在ESBLs酶基因检测结果中,65株CRE定植菌,TEM基因检出率为98.4%(64/65),SHV基因检出率为30.7%(20/65),CTX-m基因检出率为61.5%(40/65);91株CRE感染菌株中,TEM基因检出率为98.9%(90/91),SHV基因检出率为54.9%(50/91),CTX-m基因检出率为36.2%(33/91)。上述三种ESBLs酶基因在肺炎克雷伯、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌中均检出。(5)65 株 CRE 定植菌,OmpK35 基因缺失率为 24.6%(16/65),OmpK36基因缺失率为69.2%(45/65),阴沟肠杆菌、弗氏柠檬酸杆菌和神户肠杆菌膜孔蛋白基因完全缺失;91株CRE感染菌,OmpK35基因缺失率为34.0%(31/91),OmpK36基因缺失率为51.6%(47/91),摩根摩根菌和奇异变形杆菌中均未检出膜孔蛋白基因,肺炎克雷伯菌OmpK35基因缺失率大于OmpK36基因型,大肠埃希菌中只检出OmpK35基因型,OmpK36基因型缺失率为100%。(6)耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌仅有3株菌检出毒力基因,分别为wcaG毒力基因的检出率为1.7%(1/59);rmpA毒力基因的检出率为3.4%(2/59),其中,1株来自CRE定植菌,另1株来自CRE感染菌株;未检出magA毒力基因。(7)所有CRE菌株的粘菌素耐药基因mcr-1均为阴性。(8)CRE感染菌株中耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)共有8种ST型,其中 ST11 型 17 株(40.4%),ST37 型 7 株(16.6%),ST147 型 3 株(7.1%),ST20 型 2 株(4.7%),ST234 型 1 株(2.3%),ST668 型 1 株(2.3%),ST721型1株(2.3%),ST876型1株(2.3%);耐碳青霉烯大肠埃希菌(CREC)共有8 种 ST 型,ST167 型 8 株(34.7%),ST38 型 4 株(17.3%),ST10 型 2 株(8.6%),ST131 型 2 株(8.6%),ST2003 型 1 株(4.3%),ST410 型 1 株(4.3%),ST617型1株(4.3%),ST69型1株(4.3%);耐碳青霉烯阴沟肠杆菌(CRECL)共有6 种 ST 型,ST418 型 6 株(40.0%),ST93 型 5 株(33.3%),ST74 型 1 株(6.6%),ST175 型 1 株(6.6%),ST592 型 1 株(6.6%),ST88 型 1 株(6.6%)。结论:(1)本院CRE定植和感染的菌株多见于肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和阴沟肠杆菌,CRE感染菌株主要分离自下呼吸道和泌尿系统感染标本,最常见于重症监护室,其次为儿科和泌尿外科,对高发科室应执行严格的患者隔离和环境消毒制度。(2)受试菌株对常用的多种抗生素表现出多重耐药,仅对替加环素和阿米卡星敏感性较高,感染控制部门应高度重视抗生素分级管理。(3)本院中常见的碳青霉烯酶均有检出,在CRE定植和感染标本中,均以blaNDM检出率最高,TEM基因在ESBLs酶基因中最常见,膜孔蛋白缺失中,OmpK36缺失率高于OmpK35,CRE菌株表现出多种耐药基因并存现象,导致菌株耐药机制复杂且多样化。(4)CRKP优势ST型是携带KPC酶的ST11型,携带NDM酶的主要是ST37型;CREC优势ST型是携带NDM酶的ST167型;CRECL优势ST型是携带NDM酶的ST418型,其次为携带IMP酶的ST93型。耐药菌株分子型别较多,存在克隆多样性传播。CRE耐药机制复杂多样性,使得对多种抗生素表现出高度耐药,造成临床感染治疗困难,医院感染控制部门必须重视和加强CRE菌株的监测,积极采取有效的防控措施。